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万見
- PDB-1ets: REFINED 2.3 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE THROMBIN ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ets
タイトルREFINED 2.3 ANGSTROMS X-RAY CRYSTAL STRUCTURE OF BOVINE THROMBIN COMPLEXES FORMED WITH THE BENZAMIDINE AND ARGININE-BASED THROMBIN INHIBITORS NAPAP, 4-TAPAP AND MQPA: A STARTING POINT FOR IMPROVING ANTITHROMBOTICS
要素(EPSILON-THROMBIN) x 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE inhibitor / SERINE PROTEINASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


fibrinogen binding / thrombin / protein polymerization / positive regulation of blood coagulation / acute-phase response / platelet activation / : / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space
類似検索 - 分子機能
Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. ...Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N(alpha)-(2-naphthylsulfonylglycyl)-4-amidinophenylalanine piperidide / Chem-MID / Prothrombin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Bode, W. / Brandstetter, H.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1992
タイトル: Refined 2.3 A X-ray crystal structure of bovine thrombin complexes formed with the benzamidine and arginine-based thrombin inhibitors NAPAP, 4-TAPAP and MQPA. A starting point for improving antithrombotics.
著者: Brandstetter, H. / Turk, D. / Hoeffken, H.W. / Grosse, D. / Sturzebecher, J. / Martin, P.D. / Edwards, B.F. / Bode, W.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystallographic Determination of Thrombin Complexes with Small Synthetic Inhibitors as a Starting Point for the Receptor-Based Design of Antithrombotics
著者: Bode, W. / Brandstetter, H. / Turk, D. / Bauer, M. / Stuerzebecher, J.
#2: ジャーナル: To be Published
タイトル: X-Ray Crystal Structure of Thrombin in Complex with D-Phe-Pro-Arg and with Small Benzamidine and Arginine-Based "Non-Peptidic" Inhibitors
著者: Bode, W.
#3: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1992
タイトル: The Refined 1.9-Angstroms X-Ray Crystal Structure of D-Phe-Pro-Arg Chloromethylketone-Inhibited Human Alpha-Thrombin: Structure Analysis, Overall Structure, Electrostatic Properties, ...タイトル: The Refined 1.9-Angstroms X-Ray Crystal Structure of D-Phe-Pro-Arg Chloromethylketone-Inhibited Human Alpha-Thrombin: Structure Analysis, Overall Structure, Electrostatic Properties, Detailed Active-Site Geometry, and Structure-Function Relationships
著者: Bode, W. / Turk, D. / Karshikov, A.
#4: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1991
タイトル: Geometry of Binding of the Nalpha-Tosylated Piperidides of M-Amidino-, P-Amidino-and P-Guanidino Phenylalanine to Thrombin and Trypsin: X-Ray Crystal Structures of Their Trypsin ...タイトル: Geometry of Binding of the Nalpha-Tosylated Piperidides of M-Amidino-, P-Amidino-and P-Guanidino Phenylalanine to Thrombin and Trypsin: X-Ray Crystal Structures of Their Trypsin Complexes and Modeling of Their Thrombin Complexes
著者: Turk, D. / Stuerzebecher, J. / Bode, W.
#5: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1990
タイトル: Geometry of Binding of the Benzamidine-and Arginine-Based Inhibitors N-Alpha-(2-Naphthyl-Sulphonyl-Glycyl)-Dl-P-Amidinophenylalanyl-Piperidine (Napap) and (2R,4R)-4-Methyl-1-[N-Alpha-(3- ...タイトル: Geometry of Binding of the Benzamidine-and Arginine-Based Inhibitors N-Alpha-(2-Naphthyl-Sulphonyl-Glycyl)-Dl-P-Amidinophenylalanyl-Piperidine (Napap) and (2R,4R)-4-Methyl-1-[N-Alpha-(3-Methyl-1,2,3,4-Tetrahydro-8-Quinolinesulphonyl)-L-Arginyl]-2-Piperidine Carboxylic Acid (Mqpa) to Human Alpha-Thrombin: X-Ray Crystallographic Determination of the Napap-Trypsin Complex and Modeling of Napap-Thrombin and Mqpa-Thrombin
著者: Bode, W. / Turk, D. / Stuerzebecher, J.
#6: ジャーナル: Embo J. / 年: 1989
タイトル: The Refined 1.9 Angstroms Crystal Structure of Human Alpha-Thrombin: Interaction with D-Phe-Pro-Arg Chloromethylketone and Significance of the Tyr-Pro-Pro-Trp Insertion Segment
著者: Bode, W. / Mayr, I. / Baumann, U. / Huber, R. / Stone, S.R. / Hofsteenge, J.
履歴
登録1992年7月6日処理サイト: BNL
改定 1.01994年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32012年12月12日Group: Other
改定 1.42024年6月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification
Remark 700SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *S1* AND *S2* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY SIX-STRANDED BETA- ...SHEET THE SHEETS PRESENTED AS *S1* AND *S2* ON SHEET RECORDS BELOW ARE ACTUALLY SIX-STRANDED BETA-BARRELS. THESE ARE REPRESENTED BY SEVEN-STRANDED SHEETS IN WHICH THE FIRST AND LAST STRANDS ARE IDENTICAL.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
L: EPSILON-THROMBIN
H: EPSILON-THROMBIN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0293
ポリマ－35,5082
非ポリマー5221
水4,107228
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2570 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.730, 88.730, 102.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number94
Space group name H-MP42212
Atom site foot note1: RESIDUE PRO H 37 IS A CIS PROLINE.

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要素

#1: タンパク質・ペプチド EPSILON-THROMBIN


分子量: 5735.240 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00735, thrombin
#2: タンパク質 EPSILON-THROMBIN


分子量: 29772.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 参照: UniProt: P00735, thrombin
#3: 化合物 ChemComp-MID / 1-[N-(naphthalen-2-ylsulfonyl)glycyl-4-carbamimidoyl-D-phenylalanyl]piperidine / NAPAP


タイプ: peptide-like, Peptide-like / クラス: 阻害剤 / 分子量: 521.631 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H31N5O4S
参照: N(alpha)-(2-naphthylsulfonylglycyl)-4-amidinophenylalanine piperidide
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 228 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY
非ポリマーの詳細AMIDINOPHENYLALANINE (OF NAPAP) BINDS TO S1 SPECIFICITY POCKET, PIPERIDINE TO S2 AND NAPHLYL GROUP ...AMIDINOPHENYLALANINE (OF NAPAP) BINDS TO S1 SPECIFICITY POCKET, PIPERIDINE TO S2 AND NAPHLYL GROUP TO "ARYL BINDING SITE".
配列の詳細THE NUMBERING OF THROMBIN RESIDUES IS BASED ON TOPOLOGICAL EQUIVALENCES WITH CHYMOTRYPSINOGEN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.85 %
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 mg/mlbovine thrombin1drop
21 mg/mlinhibitor1drop
31.0 Mammonium sulphate1drop
40.1 Mpotassium phosphate1drop
51.9 Mammonium sulphate1reservoir

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データ収集

放射散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1
反射
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / Num. obs: 13578 / % possible obs: 78 % / Observed criterion σ(I): 2 / Num. measured all: 84833 / Rmerge(I) obs: 0.142

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLORモデル構築
X-PLOR精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.3→8 Å / Rfactor Rwork: 0.178 / Rfactor obs: 0.178
詳細: THERE IS A CLEAVAGE IN THE CHAIN AT THR 149A - SER 149B IN THE INSERTION LOOP OF THROMBIN. THE AUTHORS DO NOT SEE THIS CLEAVAGE DUE TO DISORDER AT BOTH FLANKING REGIONS. NOTE THAT THE ...詳細: THERE IS A CLEAVAGE IN THE CHAIN AT THR 149A - SER 149B IN THE INSERTION LOOP OF THROMBIN. THE AUTHORS DO NOT SEE THIS CLEAVAGE DUE TO DISORDER AT BOTH FLANKING REGIONS. NOTE THAT THE OCCUPANCY OF RESIDUES 148 - 149E IS GIVEN AS 0.0 INDICATING THAT THEY WERE NOT SEEN IN THE ELECTRON DENSITY MAPS.
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2384 0 37 228 2649
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.012
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg3.089
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.3 Å / 最低解像度: 8 Å / Num. reflection obs: 12503 / Rfactor obs: 0.178
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 40 Å2
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_d / Dev ideal: 3.089

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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