PDB-1esh: THE SOLUTION STRUCTURE OF THE STEM LOOP C 5'AUA3' TRILOOP OF BROM...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1esh

タイトル

THE SOLUTION STRUCTURE OF THE STEM LOOP C 5'AUA3' TRILOOP OF BROME MOSAIC VIRUS (+) STRAND RNA

要素

RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*CP*AP*UP*AP*GP*CP*AP*CP*C)-3')

キーワード

RNA / TRILOOP / STEM-LOOP / Brome Mosaic Virus

機能・相同性

RNA / RNA (> 10)

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / RMD WITH SIMULATED ANNEALING

データ登録者

Kim, C.-H. / Kao, C.C. / Tinoco Jr., I.

引用

ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: RNA motifs that determine specificity between a viral replicase and its promoter.
著者: Kim, C.H. / Kao, C.C. / Tinoco Jr., I.

履歴

登録	2000年4月10日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2000年4月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1esh.cif.gz	16.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1esh.ent.gz	9.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1esh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/1esh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/1esh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1me1-d 1i4b-d 343d-2 6gn2-1 6gn3-3 2avh-d 343d-3 3jxq-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#121 - 2010年1月
70Sリボソーム (70S Ribosomes)
類似性 (1)
#130 - 2010年10月
リボスイッチ (Riboswitches)
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アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
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#157 - 2013年1月
転移伝令RNA (Transfer-Messenger RNA)
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#181 - 2015年1月
カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR)
類似性 (1)
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蛍光RNAアプタマー (Fluorescent RNA Aptamers)
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#253 - 2021年1月
エクスプレソーム (Expressome)
類似性 (1)
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リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
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#15 - 2001年3月
転移RNA (Transfer RNA)
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SARSコロナウイルス2 RNA依存性RNAポリメラーゼ (SARS-CoV-2 RNA-dependent RNA Polymerase)
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#10 - 2000年10月
リボソーム (Ribosome)
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アデニンリボスイッチの動き (Adenine Riboswitch in Action)
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#87 - 2007年3月
ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
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リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
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スプライソソーム (Spliceosomes)
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自己スプライシングRNA (Self-splicing RNA)
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#98 - 2008年2月
低分子干渉RNA (Small Interfering RNA)
類似性 (1)
#104 - 2008年8月
セレノシステイン合成酵素 (Selenocysteine Synthase)
類似性 (1)
#106 - 2008年10月
ポリAポリメラーゼ (Poly(A) Polymerase)
類似性 (1)
#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (1)
#161 - 2013年5月
リシン (Ricin)
類似性 (1)
#227 - 2018年11月
テロメラーゼ (Telomerase)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (1)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#81 - 2006年9月
伸長因子 (Elongation Factors)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*GP*CP*AP*UP*AP*GP*CP*AP*CP*C)-3')

4.16 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / 22	LOWEST ENERGY
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: RNA鎖	RNA (5'-R(GPGPUPGPCPAPUPAPGPCPAPCPC)-3') 分子量: 4156.541 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ*: 合成詳細: SEQUENCE OCCURS NATURALLY IN BROME MOSAIC VIRUS EXCEPT FOR THE TERMINAL TWO GC BPS

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実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	H2ONOESY
1	2	1	D2ONOESY
1	3	1	(H)CCH-TO

NMR実験の詳細

Text: THE SUBMITTED STRUCTURE IS THE AVERAGE AND ENERGY MINIMIZED

-
試料調製

詳細	内容: RNA IN AQUEOUS SOLUTION
試料状態	イオン強度: 50mM NACL / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 278 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Bruker DRX	Bruker	DRX	500	1
Bruker AMX	Bruker	AMX	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
X-PLOR	3.1	A.T.BRUNGER	精密化
X-PLOR	3.1	A.T.BRUNGER	構造決定

精密化

手法: RMD WITH SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: LOWEST ENERGY / 計算したコンフォーマーの数: 22 / 登録したコンフォーマーの数: 1

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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