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- PDB-1es8: Crystal structure of free BglII -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1es8
タイトルCrystal structure of free BglII
要素RESTRICTION ENDONUCLEASE BGLII
キーワードHYDROLASE / RESTRICTION ENDONUCLEASE / RESTRICTION ENZYME / uncomplexed
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / magnesium ion binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, BamHI/BglIII/BstY / Restriction Endonuclease - #20 / Restriction Endonuclease / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / Type II restriction enzyme BglII
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lukacs, C.M. / Aggarwal, A.K.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2001
タイトル: Structure of free BglII reveals an unprecedented scissor-like motion for opening an endonuclease.
著者: Lukacs, C.M. / Kucera, R. / Schildkraut, I. / Aggarwal, A.K.
履歴
登録2000年4月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32012年5月9日Group: Source and taxonomy
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RESTRICTION ENDONUCLEASE BGLII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0922
ポリマ－26,0321
非ポリマー601
水1,45981
1
A: RESTRICTION ENDONUCLEASE BGLII
ヘテロ分子

A: RESTRICTION ENDONUCLEASE BGLII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1844
ポリマ－52,0642
非ポリマー1202
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_764-x+2,-x+y+1,-z-1/31
単位格子
Length a, b, c (Å)79.150, 79.150, 66.520
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 RESTRICTION ENDONUCLEASE BGLII


分子量: 26031.756 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q45488, type II site-specific deoxyribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID


分子量: 60.052 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.75 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 30% isopropanol, 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Bis-tris, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 7.4
詳細: drop consists of equal amounts of protein and precipitant solutions
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式詳細
110 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
3100 mM1dropKCl
410 %(v/v)glycerol1drop
51 mMdithiothreitol1drop
630 %(v/v)isopropanol1reservoirprecipitant
70.2 Msodium acetate1reservoirprecipitant
8100 mMBis-tris1reservoirprecipitant

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 0.9793, 0.9789, 0.9689
検出器タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年3月1日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97931
20.97891
30.96891
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. all: 10979 / Num. obs: 10979 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(I): -2 / 冗長度: 3.1 % / Biso Wilson estimate: 36.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.152 / Num. unique all: 1083 / % possible all: 99.1
反射
*PLUS
Num. measured all: 33794 / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.1 % / Rmerge(I) obs: 0.138

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解析

ソフトウェア
名称分類
SHARP位相決定
CNS精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.258 555 5 %Random
Rwork0.214 ---
all-10963 --
obs-10963 99.6 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1592 0 4 81 1677
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.27
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection all: 10418
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 37.1 Å2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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