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万見
- PDB-1equ: TYPE 1 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE EQUILIN COMPLEXED WIT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1equ
タイトルTYPE 1 17-BETA HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE EQUILIN COMPLEXED WITH NADP+
要素PROTEIN (ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 1)
キーワードOXIDOREDUCTASE / HYDROXYSTEROID DEHYDROGENASE / SHORT CHAIN DEHYDROGENASE / REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / estradiol binding / estrogen biosynthetic process / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / testosterone biosynthetic process / : / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity ...17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / 3(or 17)beta-hydroxysteroid dehydrogenase / estradiol binding / estrogen biosynthetic process / cellular response to metal ion / Estrogen biosynthesis / testosterone dehydrogenase (NADP+) activity / testosterone biosynthetic process / : / testosterone dehydrogenase (NAD+) activity / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid biosynthetic process / NADP+ binding / estrogen metabolic process / lysosome organization / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / small molecule binding / catalytic activity / adipose tissue development / skeletal muscle tissue development / steroid binding / bone development / NADP binding / gene expression / protein homodimerization activity / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
17beta-dehydrogenase / short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EQUILIN / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Sawicki, M.W. / Erman, M. / Puranen, T. / Vihko, P. / Ghosh, D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Structure of the ternary complex of human 17beta-hydroxysteroid dehydrogenase type 1 with 3-hydroxyestra-1,3,5,7-tetraen-17-one (equilin) and NADP+.
著者: Sawicki, M.W. / Erman, M. / Puranen, T. / Vihko, P. / Ghosh, D.
履歴
登録1998年12月2日登録サイト: BNL / 処理サイト: RCSB
改定 1.01999年12月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年12月25日Group: Advisory / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: database_PDB_caveat / pdbx_entry_details ...database_PDB_caveat / pdbx_entry_details / pdbx_validate_close_contact / struct_conn

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 1)
B: PROTEIN (ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 1)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,5315
ポリマ－69,7762
非ポリマー1,7553
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8170 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area21680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.020, 114.160, 114.840
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.96803, 0.240107, -0.072577), (0.240103, -0.970707, -0.008915), (-0.072592, -0.008796, -0.997323)
ベクター: -0.496, 22.8112, 61.8604)

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要素

#1: タンパク質 PROTEIN (ESTRADIOL 17 BETA-DEHYDROGENASE 1)


分子量: 34887.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P14061, 17beta-estradiol 17-dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-EQI / EQUILIN / エキリン


分子量: 268.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20O2 / コメント: 薬剤, ホルモン*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.48 %
結晶化pH: 7.5
詳細: VAP. DIFF. FROM 28% PEG 4000 IN HEPES BUFFER, PH 7.5, CONTAINING 1 MM EQUILIN, pH 7.50
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
128 %PEG40001reservoir
31 mMequilin1reservoir
2HEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 130 K
放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年9月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→99 Å / Num. obs: 11408 / % possible obs: 93.1 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 6.5
反射 シェル解像度: 3→3.23 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / % possible all: 92
反射
*PLUS
Num. measured all: 28469
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
AMoRE位相決定
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BHS

1bhs


解像度: 3→12 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1
詳細: THE EXTENDED LOOP REGION OF THE B SUBUNIT (186-200) WAS MODELED AFTER THE APO STRUCTURE EXTENDED LOOP
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.315 494 5 %RANDOM
Rwork0.182 ---
obs0.182 9322 93.1 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4358 0 116 18 4492
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.011
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.65
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.06
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.61
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev position (Å)Weight position
11RESTRAINTSX-RAY DIFFRACTION3.5100
22X-RAY DIFFRACTION3.510
33X-RAY DIFFRACTION3.55
LS精密化 シェル解像度: 3→3.23 Å / Rfactor Rfree: 0.373 / Rfactor Rwork: 0.223 / Total num. of bins used: 8
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.06
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.61

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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