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万見
- PDB-1eqq: SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN AND SSDNA COMPLEX -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eqq
タイトルSINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN AND SSDNA COMPLEX
要素
  • 5'-R(*(5MU)P*(5MU)P*(5MU))-3'
  • SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN
キーワードREPLICATION/RNA / BETA BARREL / PROTEIN-DNA COMPLEX / REPLICATION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


single-stranded DNA-binding protein complex / nucleoid / SOS response / replisome / recombinational repair / mismatch repair / enzyme activator activity / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA recombination ...single-stranded DNA-binding protein complex / nucleoid / SOS response / replisome / recombinational repair / mismatch repair / enzyme activator activity / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Single-stranded DNA-binding protein / Single-strand binding protein family / Single-strand binding (SSB) domain profile. / Primosome PriB/single-strand DNA-binding / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Single-stranded DNA-binding protein / Single-stranded DNA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Matsumoto, T. / Morimoto, Y. / Shibata, N. / Yasuoka, N. / Shimamoto, N.
引用ジャーナル: J.Biochem.(Tokyo) / 年: 2000
タイトル: Roles of functional loops and the C-terminal segment of a single-stranded DNA binding protein elucidated by X-Ray structure analysis
著者: Matsumoto, T. / Morimoto, Y. / Shibata, N. / Kinebuchi, T. / Shimamoto, N. / Tsukihara, T. / Yasuoka, N.
履歴
登録2000年4月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02003年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
M: 5'-R(*(5MU)P*(5MU)P*(5MU))-3'
N: 5'-R(*(5MU)P*(5MU)P*(5MU))-3'
A: SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN
B: SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN
C: SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN
D: SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,7996
ポリマ－77,7996
非ポリマー00
水1,18966
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.714, 60.473, 94.733
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 112.602, 90.0
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(*(5MU)P*(5MU)P*(5MU))-3'


分子量: 915.621 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質
SINGLE STRANDED DNA BINDING PROTEIN / SSB / HELIX-DESTABILIZING PROTEIN


分子量: 18991.939 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P02339, UniProt: P0AGE0*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 66 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 10

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.8 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: ammonium sulfate, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP at 288K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1(NH4)2SO411
2(NH4)2SO412

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / タイプ: PHOTON FACTORY / 波長: 0.7
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→45 Å / Num. all: 28599 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 6 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CNS精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 3.2→15 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.339 360 5 %random
Rwork0.213 ---
all0.213 ---
obs0.213 7284 82.5 %-
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-15.396 Å20 Å2-1.49 Å2
2---19.672 Å20 Å2
3---4.276 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.2→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3597 78 0 66 3741
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.176
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg3.16

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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