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- PDB-1eqk: SOLUTION STRUCTURE OF ORYZACYSTATIN-I, A CYSTEINE PROTEINASE INHI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eqk
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF ORYZACYSTATIN-I, A CYSTEINE PROTEINASE INHIBITOR OF THE RICE, ORYZA SATIVA L. JAPONICA
要素ORYZACYSTATIN-I
キーワードHYDROLASE INHIBITOR / alpha and beta proteins / cystatin-like fold / cystatin/monellin superfamily / phytocystatin family
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / defense response / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Aspartic acid proteinase inhibitor / Cystatin / Proteinase inhibitor I25, cystatin, conserved site / Cysteine proteases inhibitors signature. / Cystatin-like domain / Cystatin domain / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, - #10 / Cystatin superfamily / Nuclear Transport Factor 2; Chain: A, / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cysteine proteinase inhibitor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Oryza sativa Japonica Group (イネ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Nagata, K. / Kudo, N. / Abe, K. / Arai, S. / Tanokura, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Three-dimensional solution structure of oryzacystatin-I, a cysteine proteinase inhibitor of the rice, Oryza sativa L. japonica.
著者: Nagata, K. / Kudo, N. / Abe, K. / Arai, S. / Tanokura, M.
履歴
登録2000年4月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ORYZACYSTATIN-I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,3991
ポリマ－11,3991
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 100structures with favorable non-bond energy
代表モデルモデル #21minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 ORYZACYSTATIN-I


分子量: 11398.888 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Oryza sativa Japonica Group (イネ) / 生物種: Oryza sativa / 株: Japonica Group / 組織: SEED / プラスミド: PLASMID PET-26B(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P09229

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D NOESY
1223D 15N-separated NOESY
132HNHA
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using 1H and 15N NMR spectroscopy.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
13 mM oryzacystatin-I; 50 mM sodium phosphate/100 mM NaCl/0.02% NaN3, pH 6.8; 10% D2O/90% H2O10% D2O/90% H2O
22 mM oryzacystatin-I U-15N; 50 mM sodium phosphate/100 mM NaCl/0.02% NaN3, pH 6.8; 10% D2O/90% H2O10% D2O/90% H2O
試料状態pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
VNMR5.3BVariancollection
NMRPipe1.6Delaglio, F. et al.解析
NMRDraw1.6Delaglio, F. et al.データ解析
Felix95Molecular Simulationsデータ解析
PIPP/CAPP4Garrett, D. et al.データ解析
DYANA1.4Guentert, P. et al.構造決定
CNS0.9Brunger,ADAMS,CLORE,DELANO,GROS,GROSSE-KUNSTLEVE,JIANG,KUSZEWSKI,NILGES,PANNU,READ,RICE,SIMONSON,WARREN精密化
AQUA2Rullmann, J.A.C. et al.データ解析
PROCHECK-NMR3.4Laskowski, R.A. et al.データ解析
MOLMOL2.6Koradi, R. et al.データ解析
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: A total of 1383 restraints, consisting of 1183 interproton distance restraints (338 long-range (|i - j| >= 6), 228 medium-range (2 <= |i - j| <= 5), 351 sequential (|i - j| = 1) and 266 intraresidual (|i - j| = 0)), 108 hydrogen bond restraints (representing 54 hydrogen bonds) and 92 torsion angle restraints (54 phi and 38 chi1), were used in the structure calculations by torsion angle dynamics using DYANA (ver. 1.4). A final set of 20 structures was selected from 100 calculations on the basis of agreement with the experimental data and van der Waals' energy. The average coordinates of the 20 DYANA structures were subjected to energy-minimization using CNS (ver. 0.9).
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with favorable non-bond energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 21

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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