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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eqd | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF NITROPHORIN 4 COMPLEXED WITH CN | ||||||
![]() | NITROPHORIN 4 | ||||||
![]() | SIGNALING PROTEIN / beta barrel / lipocalin fold / ferric heme / cyanide | ||||||
機能・相同性 | ![]() nitrite dismutase / histamine binding / nitric oxide binding / vasodilation / oxidoreductase activity / extracellular region / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Weichsel, A. / Andersen, J.F. / Roberts, S.A. / Montfort, W.R. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Nitric oxide binding to nitrophorin 4 induces complete distal pocket burial. 著者: Weichsel, A. / Andersen, J.F. / Roberts, S.A. / Montfort, W.R. #1: ![]() タイトル: The crystal structure of nitrophorin 4 at 1.5 A resolution: transport of nitric oxide by a lipocalin-based heme protein. 著者: Andersen, J.F. / Weichsel, A. / Balfour, C.A. / Champagne, D.E. / Montfort, W.R. #2: ![]() タイトル: Crystal structure of a nitric oxide transport protein from a blood-sucking insect. 著者: Weichsel, A. / Andresen, J.F. / Champagne, D.E. / Walker, F.A. / Montfort, W.R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 51.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 493.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 499.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20292.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: SALIVA / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-CYN / |
#3: 化合物 | ChemComp-HEV / |
#4: 化合物 | ChemComp-CIT / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.23 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 4000, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 140 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: ENRAF-NONIUS FAST / 検出器: DIFFRACTOMETER / 日付: 1999年10月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.6→11 Å / Num. all: 32484 / Num. obs: 31409 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.65 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 11.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / % possible all: 76 |
反射 | *PLUS Num. obs: 19393 / Num. measured all: 31409 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 76 % / Mean I/σ(I) obs: 3.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→11 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→11 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rwork: 0.21 | ||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |