+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1epu | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-RAY crystal structure of neuronal SEC1 from squid | ||||||
要素 | S-SEC1 | ||||||
キーワード | ENDOCYTOSIS/EXOCYTOSIS / PARALLEL BETA-SHEETS / LEFT-HAND TURN CONNECTION / HELICAL BUNDLE (ヘリックスバンドル) / ENDOCYTOSIS-EXOCYTOSIS COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 vesicle docking involved in exocytosis / neurotransmitter secretion / syntaxin-1 binding / 分泌 / intracellular protein transport / 細胞膜 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Loligo pealei (無脊椎動物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / TWO-WAVELENGTH MAD / 解像度: 2.4 Å | ||||||
データ登録者 | Bracher, A. / Perrakis, A. / Dresbach, T. / Betz, H. / Weissenhorn, W. | ||||||
引用 | ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000 タイトル: The X-ray crystal structure of neuronal Sec1 from squid sheds new light on the role of this protein in exocytosis. 著者: Bracher, A. / Perrakis, A. / Dresbach, T. / Betz, H. / Weissenhorn, W. #1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2000 タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Analysis of Squid Neuronal Sec1 著者: Bracher, A. / Dresbach, T. / Betz, H. / Weissenhorn, W. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1epu.cif.gz | 118.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1epu.ent.gz | 97.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1epu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/1epu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/1epu | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 68815.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Loligo pealei (無脊椎動物) / 細胞内の位置: GIANT AXON / プラスミド: PQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O62547 |
---|---|
#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.77 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 277 K / 手法: batch crystallization / pH: 7.4 詳細: Hepes, potassium chloride, dithiothreitol, pH 7.4, BATCH CRYSTALLIZATION, temperature 277K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.6 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: Bracher, A., (2000) Acta Crystallogr., Sect.D, 56, 501. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9393 |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年2月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9393 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 34634 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 55.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 11.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.5 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.305 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique all: 4042 / % possible all: 99.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 116511 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.2 % |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: TWO-WAVELENGTH MAD / 解像度: 2.4→25 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 67.72 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→25 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.4→2.43 Å / Total num. of bins used: 30 /
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection all: 29059 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|