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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1epr | ||||||
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タイトル | ENDOTHIA ASPARTIC PROTEINASE (ENDOTHIAPEPSIN) COMPLEXED WITH PD-135,040 | ||||||
![]() | ENDOTHIAPEPSIN | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX / ACID PROTEINASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Badasso, M. / Crawford, M. / Cooper, J.B. / Blundell, T.L. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: A structural comparison of 21 inhibitor complexes of the aspartic proteinase from Endothia parasitica. 著者: Bailey, D. / Cooper, J.B. #1: ![]() タイトル: The 3D Structure at 2 Angstroms Resolution of Endothiapepsin 著者: Blundell, T.L. / Jenkins, J. / Sewell, B.T. / Pearl, L.H. / Cooper, J.B. / Tickle, I.J. / Veerapandian, B. / Wood, S.P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 77.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 59.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 479.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 494.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 17.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Atom site foot note | 1: THR E 22 - PRO E 23 OMEGA = 293.30 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 2: SER E 132 - PRO E 133 OMEGA = 30.48 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION 3: GLN E 134A - GLN E 135 OMEGA = 80.17 PEPTIDE BOND DEVIATES SIGNIFICANTLY FROM TRANS CONFORMATION |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 33813.855 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-0QS / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | RESIDUES 63A, 80A, 134A, 184A, 203A, 204A, 238A, 282A, 282B, AND 319A IN CHAIN E ARE INSERTIONS ...RESIDUES 63A, 80A, 134A, 184A, 203A, 204A, 238A, 282A, 282B, AND 319A IN CHAIN E ARE INSERTIONS |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.3 % |
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown |
-データ収集
放射 | 散乱光タイプ: x-ray |
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放射波長 | 相対比: 1 |
反射 | 最高解像度: 2.3 Å |
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解析
ソフトウェア | 名称: RESTRAIN / 分類: 精密化 | ||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.3→12 Å / σ(F): 3 詳細: THE QUANTITY GIVEN IN THE TEMPERATURE FACTOR FIELD OF THE *ATOM* AND *HETATM* RECORDS BELOW IS U**2, WHICH IS THE MEAN-SQUARE AMPLITUDE OF ATOMIC VIBRATION. THE TEMPERATURE FACTOR, B, CAN BE ...詳細: THE QUANTITY GIVEN IN THE TEMPERATURE FACTOR FIELD OF THE *ATOM* AND *HETATM* RECORDS BELOW IS U**2, WHICH IS THE MEAN-SQUARE AMPLITUDE OF ATOMIC VIBRATION. THE TEMPERATURE FACTOR, B, CAN BE DERIVED BY THE FOLLOWING RELATION: B = 8 * (PI)**2 * U**2. THERE ARE ARE LARGE NUMBER OF CLOSE ATOMIC INTERACTIONS, SOME AMONG ATOMS WITHIN THE ENTRY AND OTHERS BETWEEN ATOMS WITHIN THE ENTRY AND SYMMETRY-RELATED ENTRIES.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→12 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: RESTRAIN / 分類: refinement | ||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.181 | ||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS |