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- PDB-1epf: CRYSTAL STRUCTURE OF THE TWO N-TERMINAL IMMUNOGLOBULIN DOMAINS OF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1epf
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE TWO N-TERMINAL IMMUNOGLOBULIN DOMAINS OF THE NEURAL CELL ADHESION MOLECULE (NCAM)
要素PROTEIN (NEURAL CELL ADHESION MOLECULE)
キーワードCELL ADHESION / NCAM / IMMUNOGLOBULIN FOLD / GLYCOPROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


NCAM1 interactions / regulation of exocyst assembly / medium-term memory / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to fluoride / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / peripheral nervous system axon regeneration / LRR domain binding / homotypic cell-cell adhesion / NCAM signaling for neurite out-growth ...NCAM1 interactions / regulation of exocyst assembly / medium-term memory / regulation of semaphorin-plexin signaling pathway / cellular response to fluoride / calcium-independent cell-cell adhesion via plasma membrane cell-adhesion molecules / peripheral nervous system axon regeneration / LRR domain binding / homotypic cell-cell adhesion / NCAM signaling for neurite out-growth / Signal transduction by L1 / cellular response to molecule of bacterial origin / behavioral response to ethanol / fibroblast growth factor receptor binding / thalamus development / commissural neuron axon guidance / cellular response to ethanol / axonal fasciculation / RAF/MAP kinase cascade / negative regulation of programmed cell death / response to morphine / epithelial to mesenchymal transition / neuron development / animal organ regeneration / multicellular organismal response to stress / phosphatase binding / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / cytoskeletal protein binding / positive regulation of calcium-mediated signaling / response to activity / response to cocaine / modulation of chemical synaptic transmission / calcium-mediated signaling / response to lead ion / Schaffer collateral - CA1 synapse / neuron projection development / cell-cell junction / heparin binding / presynaptic membrane / growth cone / response to oxidative stress / postsynaptic membrane / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / neuron projection / cell adhesion / response to xenobiotic stimulus / axon / external side of plasma membrane / neuronal cell body / glutamatergic synapse / cell surface / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Neural cell adhesion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III ...Neural cell adhesion / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Neural cell adhesion molecule 1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Kasper, C. / Rasmussen, H. / Kastrup, J.S. / Ikemizu, S. / Jones, E.Y. / Berezin, V. / Bock, E. / Larsen, I.K.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 2000
タイトル: Structural basis of cell-cell adhesion by NCAM.
著者: Kasper, C. / Rasmussen, H. / Kastrup, J.S. / Ikemizu, S. / Jones, E.Y. / Berezin, V. / Bock, E. / Larsen, I.K.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1999
タイトル: Expression, Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of the Two Amino-Terminal Ig Domains of the Neural Cell Adhesion Molecule (Ncam)
著者: Kasper, C. / Rasmussen, H. / Berezin, V. / Bock, E. / Larsen, I.K.
履歴
登録2000年3月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PROTEIN (NEURAL CELL ADHESION MOLECULE)
B: PROTEIN (NEURAL CELL ADHESION MOLECULE)
C: PROTEIN (NEURAL CELL ADHESION MOLECULE)
D: PROTEIN (NEURAL CELL ADHESION MOLECULE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,6695
ポリマ－85,6294
非ポリマー401
水25,5451418
1
A: PROTEIN (NEURAL CELL ADHESION MOLECULE)
B: PROTEIN (NEURAL CELL ADHESION MOLECULE)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8152
ポリマ－42,8152
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: PROTEIN (NEURAL CELL ADHESION MOLECULE)
D: PROTEIN (NEURAL CELL ADHESION MOLECULE)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,8553
ポリマ－42,8152
非ポリマー401
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.078, 122.505, 72.859
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.27, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
PROTEIN (NEURAL CELL ADHESION MOLECULE) / NCAM


分子量: 21407.326 Da / 分子数: 4 / 断片: N-TERMINAL IG DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PHIL-S1 / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 参照: UniProt: P13596
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1418 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.33 %
結晶化pH: 6.5 / 詳細: pH 6.50
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: used macroseeding, Kasper, C., (1999) Acta Crystallogr., Sect.D, 55, 1598.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13.5 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
315 mM1dropNaCl
412-13 %PEG40001reservoir
515 mM1reservoirCaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.855
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年8月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→30 Å / Num. obs: 64828 / % possible obs: 92.6 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 21.9
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / Rmerge(I) obs: 0.308 / % possible all: 90
反射
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å / 最低解像度: 30 Å / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.9 % / Num. measured all: 186351
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 90 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS精密化
精密化解像度: 1.85→30 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.234 3137 5 %RANDOM
Rwork0.201 ---
obs0.201 62119 89.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6203 0 1 1418 7622
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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