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- PDB-1ep0: HIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF DTDP-6-DEOXY-D-XYLO-4-HEXULO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ep0
タイトルHIGH RESOLUTION CRYSTAL STRUCTURE OF DTDP-6-DEOXY-D-XYLO-4-HEXULOSE 3,5-EPIMERASE FROM METHANOBACTERIUM THERMOAUTOTROPHICUM
要素DTDP-6-DEOXY-D-XYLO-4-HEXULOSE 3,5-EPIMERASE
キーワードISOMERASE / racemase / dTDP-4-dehydrorhamnose epimerase / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / polysaccharide biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Christendat, D. / Saridakis, V. / Bochkarev, A. / Pai, E.F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of dTDP-4-keto-6-deoxy-D-hexulose 3,5-epimerase from Methanobacterium thermoautotrophicum complexed with dTDP.
著者: Christendat, D. / Saridakis, V. / Dharamsi, A. / Bochkarev, A. / Pai, E.F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M.
履歴
登録2000年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DTDP-6-DEOXY-D-XYLO-4-HEXULOSE 3,5-EPIMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7021
ポリマ－21,7021
非ポリマー00
水2,270126
1
A: DTDP-6-DEOXY-D-XYLO-4-HEXULOSE 3,5-EPIMERASE

A: DTDP-6-DEOXY-D-XYLO-4-HEXULOSE 3,5-EPIMERASE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,4052
ポリマ－43,4052
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
単位格子
Length a, b, c (Å)67.720, 53.131, 51.667
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dimer constructed from Chain A and one symmetry related molecule.

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要素

#1: タンパク質 DTDP-6-DEOXY-D-XYLO-4-HEXULOSE 3,5-EPIMERASE / DTDP-4-DEHYDRORHAMNOSE 3 / 5-EPIMERASE


分子量: 21702.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O27818, dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.18 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 10 % Polyethylene glycol 4K, 0.1 M Sodium Acetate , pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 20K
結晶
*PLUS
溶媒含有率: 46 %
結晶化
*PLUS
温度: 22 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
110 %PEG40001reservoir
2100 mMsodium acetate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-D / 波長: 0.953733
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2000年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.953733 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. all: 180757 / Num. obs: 29180 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(F): 5592 / Observed criterion σ(I): 150.7 / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 13.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 37.3
反射 シェル解像度: 1.5→1.55 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Num. unique all: 2877 / % possible all: 100
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.5 % / Mean I/σ(I) obs: 9.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASES位相決定
CNS0.9精密化
精密化解像度: 1.5→25.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 501863.81 / Data cutoff high rms absF: 501863.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: CNS 0.9 / 詳細: Simulated Annealing
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21 2933 10.1 %RANDOM
Rwork0.183 ---
obs0.183 29020 99.2 %-
all-180757 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.1104 Å2 / ksol: 0.422673 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 13.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.37 Å20 Å2-0.19 Å2
2---0.22 Å20 Å2
3----1.15 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.18 Å0.15 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.05 Å-0.06 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→25.66 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1518 0 0 126 1644
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d27.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.24
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.661.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.592
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.512
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.762.5
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.59 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.197 474 10 %
Rwork0.17 4279 -
obs--97.6 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3CIS_PEPTIDE.PARAM
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 13.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg27.6
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.24

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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