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- PDB-1eos: CRYSTAL STRUCTURE OF RIBONUCLEASE A COMPLEXED WITH URIDYLYL(2',5'... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eos
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RIBONUCLEASE A COMPLEXED WITH URIDYLYL(2',5')GUANOSINE (PRODUCTIVE BINDING)
要素RIBONUCLEASE PANCREATIC
キーワードHYDROLASE / NON-PRODUCTIVE BINDING / PROTEIN-NUCLEOTIDE INTERACTIONS
機能・相同性
機能・相同性情報


pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / defense response to Gram-positive bacterium / lyase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
P-30 Protein / Ribonuclease A-like domain / Pancreatic ribonuclease / Ribonuclease A, active site / Ribonuclease A-domain / Ribonuclease A-like domain superfamily / Pancreatic ribonuclease / Pancreatic ribonuclease family signature. / Pancreatic ribonuclease / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDYLYL-2'-5'-PHOSPHO-GUANOSINE / Ribonuclease pancreatic
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Vitagliano, L. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Productive and nonproductive binding to ribonuclease A: X-ray structure of two complexes with uridylyl(2',5')guanosine.
著者: Vitagliano, L. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1999
タイトル: A Potential Allosteric Subsite Generated by Domain Swapping in Bovine Seminal Ribonuclease
著者: Vitagliano, L. / Adinolfi, S. / Sica, F. / Merlino, A. / Zagari, A. / Mazzarella, L.
履歴
登録2000年3月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RIBONUCLEASE PANCREATIC
B: RIBONUCLEASE PANCREATIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0063
ポリマ－27,4172
非ポリマー5891
水1,74797
1
A: RIBONUCLEASE PANCREATIC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,2982
ポリマ－13,7081
非ポリマー5891
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: RIBONUCLEASE PANCREATIC


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7081
ポリマ－13,7081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)101.440, 33.450, 73.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.50, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 RIBONUCLEASE PANCREATIC


分子量: 13708.326 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 化合物 ChemComp-U2G / URIDYLYL-2'-5'-PHOSPHO-GUANOSINE / PHOSPHORIC ACID-2'-[2'-DEOXY-URIDINE]ESTER-5'-GUANOSINE ESTER / 5′-O-(2′-ウリジリル)グアノシン


分子量: 589.407 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24N7O13P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 97 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: PEG4000, sodium citrate, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / pH: 5.3 / 手法: free interface diffusion / 詳細: Berisio, R., (1999) J. Mol. Biol., 292, 845.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
130 mg/mlprotein11
250 %2-methyl-2-propanol12

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS FR591 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MAC Science DIP-2030B / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年6月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→15 Å / Num. all: 15833 / Num. obs: 15833 / % possible obs: 92.2 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.36 / Num. unique all: 1426 / % possible all: 83.7
反射
*PLUS
Num. measured all: 37174

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2→8 Å / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
Rfactor反射数
Rwork0.178 -
all0.178 15520
obs-14101
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1894 0 21 97 2012
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.98
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.8
LS精密化 シェル解像度: 2→2.09 Å / Total num. of bins used: 8 /
Rfactor反射数%反射
Rwork0.236 1434 -
obs--69 %
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 8 Å / σ(F): 2
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg23.8
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rwork: 0.236

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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