[日本語] English
万見
- PDB-1eo8: INFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ COMPLEXED WITH A NEUTRALIZING ANTIBODY -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eo8
タイトルINFLUENZA VIRUS HEMAGGLUTININ COMPLEXED WITH A NEUTRALIZING ANTIBODY
要素
  • (HEMAGGLUTININ ...) x 2
  • ANTIBODY (HEAVY CHAIN)
  • ANTIBODY (LIGHT CHAIN)
キーワードViral protein/Immune system / COMPLEX (HEMAGGLUTININ-IMMMUNOGLOBULIN) / HEMAGGLUTININ / IMMUNOGLOBULIN / VIRAL PROTEIN / IMMUNE SYSTEM COMPLEX / Viral protein-Immune system COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


viral budding from plasma membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / host cell surface receptor binding / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins ...Hemagglutinin Ectodomain; Chain B - #10 / Hemagglutinin Ectodomain; Chain B / Hemagglutinin (Ha1 Chain); Chain: A; domain 1 / Haemagglutinin, alpha/beta domain, HA1 chain / Haemagglutinin, influenzavirus A / Haemagglutinin, HA1 chain, alpha/beta domain superfamily / Haemagglutinin / Haemagglutinin, influenzavirus A/B / Viral capsid/haemagglutinin protein / Immunoglobulins / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Hemagglutinin
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Fleury, D. / Gigant, B. / Daniels, R.S. / Skehel, J.J. / Knossow, M. / Bizebard, T.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2000
タイトル: Structural evidence for recognition of a single epitope by two distinct antibodies.
著者: Fleury, D. / Daniels, R.S. / Skehel, J.J. / Knossow, M. / Bizebard, T.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1995
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Diffraction Studies of Complexes between an Influenza Hemagglutinin and Fab Fragments of Two Different Monoclonal Antibodies
著者: Gigant, B. / Fleury, D. / Bizebard, T. / Skehel, J.J. / Knossow, M.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1981
タイトル: Structure of the Haemagglutinin Membrane Glycoprotein of Influenza Virus at 3 A Resolution
著者: Wilson, I.A. / Skehel, J.J. / Wiley, D.C.
履歴
登録2000年3月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_PDB_caveat / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_chiral / struct_asym / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_chiral.auth_asym_id / _pdbx_validate_chiral.auth_seq_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HEMAGGLUTININ (HA1 CHAIN)
B: HEMAGGLUTININ (HA2 CHAIN)
L: ANTIBODY (LIGHT CHAIN)
H: ANTIBODY (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,2368
ポリマ－102,7834
非ポリマー1,4534
水1,964109
1
A: HEMAGGLUTININ (HA1 CHAIN)
B: HEMAGGLUTININ (HA2 CHAIN)
L: ANTIBODY (LIGHT CHAIN)
H: ANTIBODY (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子

A: HEMAGGLUTININ (HA1 CHAIN)
B: HEMAGGLUTININ (HA2 CHAIN)
L: ANTIBODY (LIGHT CHAIN)
H: ANTIBODY (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子

A: HEMAGGLUTININ (HA1 CHAIN)
B: HEMAGGLUTININ (HA2 CHAIN)
L: ANTIBODY (LIGHT CHAIN)
H: ANTIBODY (HEAVY CHAIN)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)312,70824
ポリマ－308,34812
非ポリマー4,36012
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)138.150, 138.150, 129.500
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number150
Space group name H-MP321
詳細THERE IS ONE MONOMER OF THE TRIMERIC HEMAGGLUTININ MOLECULE IN THE ASYMMETRIC UNIT, AND EACH MONOMER IS COMPLEXED WITH ONE FAB FRAGMENT. THE MONOMER OF HEMAGGLUTININ CONSISTS OF TWO CHAINS, IDENTIFIED AS HA1 AND HA2. CHAINS HA1 AND HA2 HAVE BEEN ASSIGNED CHAIN IDENTIFIERS *A* AND *B*, RESPECTIVELY. IN THE VIRUS, CHAIN HA1 CONSISTS OF 328 RESIDUES AND CHAIN HA2 CONSISTS OF 220 RESIDUES. HEMAGGLUTININ MAY BE SOLUBILIZED FROM THE VIRAL MEMBRANE BY BROMELAIN DIGESTION, WHICH REMOVES THE C-TERMINAL HYDROPHOBIC (ANCHORING) DOMAIN FROM CHAIN HA2. AFTER BROMELAIN DIGESTION CHAIN HA2 CONSISTS OF 175 RESIDUES, AS PRESENTED IN THIS ENTRY.

-
要素

-
HEMAGGLUTININ ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 HEMAGGLUTININ (HA1 CHAIN)


分子量: 36065.457 Da / 分子数: 1 / 断片: BROMELAIN RELEASED FRAGMENT / 由来タイプ: 天然
詳細: A RECOMBINANT INFLUENZA STRAIN CONTAINING A/AICHI/68 (H3N2) HEMAGGLUTININ
由来: (天然) Influenza A virus (A/X-31(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: X31 / 参照: UniProt: P03437
#2: タンパク質 HEMAGGLUTININ (HA2 CHAIN)


分子量: 20212.350 Da / 分子数: 1 / 断片: BROMELAIN RELEASED FRAGMENT / 由来タイプ: 天然
詳細: A RECOMBINANT INFLUENZA STRAIN CONTAINING A/AICHI/68 (H3N2) HEMAGGLUTININ
由来: (天然) Influenza A virus (A/X-31(H3N2)) (A型インフルエンザウイルス)
属: Influenzavirus A / 生物種: Influenza A virus / 株: X31 / 参照: UniProt: P03437

-
抗体 , 2種, 2分子 LH

#3: 抗体 ANTIBODY (LIGHT CHAIN)


分子量: 23097.604 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT OF ANTIBODY BH151 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDROMAS / 株: BALB/C / 参照: GenBank: 7159941
#4: 抗体 ANTIBODY (HEAVY CHAIN)


分子量: 23407.254 Da / 分子数: 1 / 断片: FAB FRAGMENT OF ANTIBODY BH151 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Mus musculus (ハツカネズミ) / Cell: HYBRIDROMAS / 株: BALB/C / 参照: GenBank: 7159939

-
糖 , 3種, 4分子

#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...alpha-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#7: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 1種, 109分子

#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 28%(w:v) PEG 600, 100 mM Sodium Phosphate, 150 mM NaCl, 0.05% NaN3 , pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K
結晶化
*PLUS
温度: 18 ℃ / pH: 8.5
詳細: Gigant, B., (1995) Proteins: Struct., Funct., Genet., 23, 115.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110-15 mg/mlprotein1drop
210 %(w/v)PEG20001reservoir
3100 mMTris-HCl1reservoir
4150 mM1reservoirNaCl
50.05 %(w/v)1reservoirNaN3
6150 mM1dropNaCl

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID2 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→25 Å / Num. all: 186998 / Num. obs: 49210 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.336 / Rsym value: 0.336 / % possible all: 99
反射
*PLUS
Num. measured all: 186998
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
X-PLOR3.843精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→7 Å / 交差検証法: RFREE / σ(F): 2
Rfactor%反射Selection details
Rfree0.298 5 %RANDOM
Rwork0.196 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7153 0 95 109 7357
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.9
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2.8 Å / 最低解像度: 7 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.196
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.9

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る