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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1en9 | ||||||||||||||||||
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タイトル | 1A CRYSTAL STRUCTURES OF B-DNA REVEAL SEQUENCE-SPECIFIC BINDING AND GROOVE-SPECIFIC BENDING OF DNA BY MAGNESIUM AND CALCIUM. | ||||||||||||||||||
![]() | DNA (5'-D(*![]() DNA / divalent cations / DNA sequence-specific binding / shelxdna / B-DNA | 機能・相同性 | DNA | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() ![]() Chiu, T.K. / Dickerson, R.E. | ![]() ![]() タイトル: 1 A crystal structures of B-DNA reveal sequence-specific binding and groove-specific bending of DNA by magnesium and calcium. 著者: Chiu, T.K. / Dickerson, R.E. #1: ![]() タイトル: Absence of minor groove monovalent cations in the crosslinked dodecamer CGCGAATTCGCG 著者: Chiu, T.K. / Kaczor-Grzeskowiak, M. / Dickerson, R.E. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 32.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 22.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 384.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 390.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 | ||
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.88 % | |||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 275 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: initial concentration in droplet: 0.17 mM dna, 31.40 mM magnesium acetate 0.28 mM streptonigrin, 10-15% MPD, 30% final MPD concentration in reservoir. Solutions were unbuffered, VAPOR ...詳細: initial concentration in droplet: 0.17 mM dna, 31.40 mM magnesium acetate 0.28 mM streptonigrin, 10-15% MPD, 30% final MPD concentration in reservoir. Solutions were unbuffered, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 275.0K | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ | |||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.95 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 0.985→8 Å / Num. all: 13087 / Num. obs: 13087 / % possible obs: 93.3 % / Observed criterion σ(I): -1 / 冗長度: 4.87 % / Biso Wilson estimate: 5.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.031 / Net I/σ(I): 32.8 |
反射 シェル | 解像度: 0.985→1.016 Å / Rmerge(I) obs: 0.122 / Mean I/σ(I) obs: 6.9 / Num. unique all: 1253 / % possible all: 89.5 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 63745 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 89.5 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: BDJ019 解像度: 0.985→8 Å / Num. parameters: 16139 / Num. restraintsaints: 5024 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Parkinson et al. 詳細: REFINEMENT STARTED IN X-PLOR 3.843 WITH DNA MODEL FROM BDJ019. AFTER ALL DATA HAS BEEN ADDED AND REFINED BY SIMULATED ANNEALING IN X-PLOR 3.843, REFINEMENT CONTINUED BY CONJUGATE GRADIENT ...詳細: REFINEMENT STARTED IN X-PLOR 3.843 WITH DNA MODEL FROM BDJ019. AFTER ALL DATA HAS BEEN ADDED AND REFINED BY SIMULATED ANNEALING IN X-PLOR 3.843, REFINEMENT CONTINUED BY CONJUGATE GRADIENT LEAST-SQUARES IN SHELXL-97. THE TOP 50 MOST DISAGREEABLE REFLECTIONS WERE REJECTED TOWARDS THE LATTER STAGES OF REFINEMENT BUT THESE ARE STILL INCLUDED IN THE RELEASED DATA.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: SHELX swat option | |||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 9 / Occupancy sum hydrogen: 113 / Occupancy sum non hydrogen: 271.4 | |||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 0.985→8 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: SHELXL-97 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.184 / Rfactor Rwork: 0.1653 |