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- PDB-1en7: ENDONUCLEASE VII (ENDOVII) FROM PHAGE T4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1en7
タイトルENDONUCLEASE VII (ENDOVII) FROM PHAGE T4
要素RECOMBINATION ENDONUCLEASE VII
キーワードHYDROLASE / ENDONUCLEASE / RESOLVASE / HOLLIDAY JUNCTION / DNASE
機能・相同性
機能・相同性情報


endonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
T4 recombination endonuclease VII, dimerisation / T4 recombination endonuclease VII, dimerisation domain superfamily / T4 recombination endonuclease VII, dimerisation / His-Me finger endonucleases / Recombination endonuclease VII / Recombination endonuclease VII superfamily / Recombination endonuclease VII / His-Me finger endonuclease fold / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #10 / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 ...T4 recombination endonuclease VII, dimerisation / T4 recombination endonuclease VII, dimerisation domain superfamily / T4 recombination endonuclease VII, dimerisation / His-Me finger endonucleases / Recombination endonuclease VII / Recombination endonuclease VII superfamily / Recombination endonuclease VII / His-Me finger endonuclease fold / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 - #10 / Transcription Termination Factor Rho, Rna-binding Domain; Chain A, Domain 1 / His-Me finger superfamily / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Recombination endonuclease VII
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Raaijmakers, H. / Vix, O. / Toro, I. / Suck, D.
引用ジャーナル: EMBO J. / 年: 1999
タイトル: X-ray structure of T4 endonuclease VII: a DNA junction resolvase with a novel fold and unusual domain-swapped dimer architecture.
著者: Raaijmakers, H. / Vix, O. / Toro, I. / Golz, S. / Kemper, B. / Suck, D.
履歴
登録1999年2月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月26日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月27日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RECOMBINATION ENDONUCLEASE VII
B: RECOMBINATION ENDONUCLEASE VII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,5997
ポリマ－36,3482
非ポリマー2515
水1,31573
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6860 Å2
ΔGint-76 kcal/mol
Surface area17630 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)144.990, 39.450, 75.750
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.20, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-437-

HOH

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要素

#1: タンパク質 RECOMBINATION ENDONUCLEASE VII / E.C.3.1.22.4 / PROTEIN GP49


分子量: 18173.777 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: ONE ZN BOUND TO CYS 23,26,58,61 OF EACH CHAIN CA LIGANDED TO ASP40 AND ASN 62
由来: (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
属: T4-like viruses / 生物種: Enterobacteria phage T4 sensu lato / 遺伝子: GP49 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOPLASM / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21
参照: UniProt: P13340, crossover junction endodeoxyribonuclease
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 73 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.01 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION 1 + 1 UL OF PROTEIN SOLUTION: 16 MG/ML ENDOVII, 175 MM NACL, 20 MM MGCL2, 2 MM ZNCL2, 10 MM 2-MERCAPTO-ETHANOL, 10 % GLYCEROL, 10 MM MOPS PH6.5; WELL: 16-18% PEG ...詳細: HANGING DROP VAPOUR DIFFUSION 1 + 1 UL OF PROTEIN SOLUTION: 16 MG/ML ENDOVII, 175 MM NACL, 20 MM MGCL2, 2 MM ZNCL2, 10 MM 2-MERCAPTO-ETHANOL, 10 % GLYCEROL, 10 MM MOPS PH6.5; WELL: 16-18% PEG 5000 MME, 200 MM CACL2, 20 MM AMMONIUM SULPHATE, 10 MM 2-MERCAPTO-ETHANOL, 100 MM TRIS PH 8.2, ~ 1 MM SODIUM AZIDE, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1NaCl11
2MgCl211
3ZnCl211
42-MERCAPTO-ETHANOL11
5GLYCEROL11
6MOPS11
7PEG 500012
8CaCl212
9(NH4)2SO412
102-MERCAPTO-ETHANOL12
11TRIS12
12NaN312
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃
詳細: drop solution was mixed with an equal volume of reservoir solution
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
116 mg/mlprotein1drop
2200 mM1reservoirCaCl2
316.5-20 %mPEG20001reservoir
4100 mMTris-HCl1reservoir
55 mM1reservoirZnCl2
65 mMammonium sulfate1reservoir
710 mMbeta-mercaptoethanol1reservoir
81
91
101
111
121

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: ENRAF-NONIUS / 波長: 1.5418
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年4月15日 / 詳細: NI COATED MIRRORS
放射モノクロメーター: NI COATED MIRRORS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→44.281 Å / Num. obs: 17578 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 36.81 Å2 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 11.8
反射 シェル解像度: 2.33→2.46 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3 / Rsym value: 0.253 / % possible all: 99.3
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.06
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 99.3 % / Rmerge(I) obs: 0.253

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
SCALAデータスケーリング
SHARP位相決定
REFMAC精密化
XDSデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散
開始モデル: ENDOVII N62D MUTANT

解像度: 2.4→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.308 828 5 %RANDOM
Rwork0.2395 ---
all-15326 --
obs-15326 99.5 %-
原子変位パラメータBiso mean: 46.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2544 0 5 73 2622
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0270.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.0320.03
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.0240.03
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it1.9552
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it2.943
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it2.0922
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it3.3013
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.1570.15
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd0.1770.3
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd0.2680.3
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd0.1770.3
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor5.57
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor15.27
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor32.520
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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