+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1elo | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | ELONGATION FACTOR G WITHOUT NUCLEOTIDE | ||||||
![]() | ELONGATION FACTOR G | ||||||
![]() | ELONGATION FACTOR / RIBOSOMAL TRANSLOCASE / GTP BINDING PROTEIN / HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() ribosome disassembly / translation elongation factor activity / GTPase activity / GTP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Aevarsson, A. / Brazhnikov, E. / Garber, M. / Zheltonosova, J. / Chirgadze, Yu. / Al-Karadaghi, S. / Svensson, L.A. / Liljas, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Three-dimensional structure of the ribosomal translocase: elongation factor G from Thermus thermophilus. 著者: A AEvarsson / E Brazhnikov / M Garber / J Zheltonosova / Y Chirgadze / S al-Karadaghi / L A Svensson / A Liljas / ![]() 要旨: The crystal structure of Thermus thermophilus elongation factor G without guanine nucleotide was determined to 2.85 A. This GTPase has five domains with overall dimensions of 50 x 60 x 118 A. The GTP ...The crystal structure of Thermus thermophilus elongation factor G without guanine nucleotide was determined to 2.85 A. This GTPase has five domains with overall dimensions of 50 x 60 x 118 A. The GTP binding domain has a core common to other GTPases with a unique subdomain which probably functions as an intrinsic nucleotide exchange factor. Domains I and II are homologous to elongation factor Tu and their arrangement, both with and without GDP, is more similar to elongation factor Tu in complex with a GTP analogue than with GDP. Domains III and V show structural similarities to ribosomal proteins. Domain IV protrudes from the main body of the protein and has an extraordinary topology with a left-handed cross-over connection between two parallel beta-strands. #1: ![]() タイトル: The Structure of Elongation Factor G in Complex with Gdp: Conformational Flexibility and Nucleotide Exchange 著者: Al-Karadaghi, S. / Aevarsson, A. / Zheltonosova, J. / Garber, M. / Liljas, A. #2: ![]() タイトル: Structure-Based Sequence Alignment of Elongation Factors TU and G with Related Gtpases Involved in Translation 著者: Aevarsson, A. #3: ![]() タイトル: Ribosomal Proteins and Elongation Factors 著者: Liljas, A. / Garber, M. #4: ![]() タイトル: The Crystal Structure of Elongation Factor G Complexed with Gdp, at 2.7 A Resolution 著者: Czworkowski, J. / Wang, J. / Steitz, T.A. / Moore, P.B. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 118.5 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 89.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 374.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 431.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 29.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 76977.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.38 % | ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | *PLUS 温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Casale, E., (1991) J. Mol. Biol., 222, 447. / PH range low: 7 / PH range high: 4.4 | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
|
-データ収集
放射光源 | 波長: 1.5418 |
---|---|
検出器 | タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 3 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 解像度: 2.8→8 Å / σ(F): 0 詳細: PLEASE NOTE THAT THE "EFFECTOR" REGION (RESIDUES 40 - 67) IS INVISIBLE AND DOMAIN III IS DISORDERED AND POORLY VISIBLE IN MAPS. ASSIGNMENT OF SEQUENCE AND THE MODEL OF DOMAIN III IS VERY ...詳細: PLEASE NOTE THAT THE "EFFECTOR" REGION (RESIDUES 40 - 67) IS INVISIBLE AND DOMAIN III IS DISORDERED AND POORLY VISIBLE IN MAPS. ASSIGNMENT OF SEQUENCE AND THE MODEL OF DOMAIN III IS VERY UNCERTAIN (RESIDUES 400 - 475). TEMPERATURE FACTORS HAVE NOT BEEN REFINED AND SOLVENT MOLECULES HAVE NOT BEEN INCLUDED.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.63 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→8 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Xplor file |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.23 / Rfactor Rfree: 0.32 / Rfactor Rwork: 0.23 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|