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- PDB-1eks: ASP128ALA VARIANT OF MOAC PROTEIN FROM E. COLI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eks
タイトルASP128ALA VARIANT OF MOAC PROTEIN FROM E. COLI
要素MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN C
キーワードTRANSLATION / MoaC / Molybdenum cofactor (Moco) / Moco biosynthesis / Moco deficiency
機能・相同性
機能・相同性情報


cyclic pyranopterin monophosphate synthase / cyclic pyranopterin monophosphate synthase activity / Mo-molybdopterin cofactor biosynthetic process / protein-containing complex / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain / Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain / Molybdenum cofactor biosynthesis C / Molybdopterin cofactor biosynthesis C (MoaC) domain superfamily / MoaC family / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
L(+)-TARTARIC ACID / Cyclic pyranopterin monophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Schindelin, H. / Liu, M.T.W. / Wuebbens, M.M. / Rajagopalan, K.V.
引用ジャーナル: Structure Fold.Des. / 年: 2000
タイトル: Insights into molybdenum cofactor deficiency provided by the crystal structure of the molybdenum cofactor biosynthesis protein MoaC.
著者: Wuebbens, M.M. / Liu, M.T. / Rajagopalan, K. / Schindelin, H.
履歴
登録2000年3月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52021年11月3日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62024年2月7日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5832
ポリマ－17,4331
非ポリマー1501
水724
1
A: MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN C
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,50012
ポリマ－104,6006
非ポリマー9016
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_666-y+1,-x+1,-z+3/21
crystal symmetry operation11_656-x+y+1,y,-z+3/21
crystal symmetry operation12_556x,x-y,-z+3/21
Buried area19590 Å2
ΔGint-105 kcal/mol
Surface area31610 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)92.128, 92.128, 63.289
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
詳細The biological assembly is a hexamer with 32 symmetry generated from chain A by crystallographic symmetry operations

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要素

#1: タンパク質 MOLYBDENUM COFACTOR BIOSYNTHESIS PROTEIN C


分子量: 17433.268 Da / 分子数: 1 / 変異: S2A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET 15B / 細胞内の位置 (発現宿主): CYTOSOL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A738
#2: 化合物 ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸


分子量: 150.087 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.67 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: Ammonium Phosphate, Sodium-Potassium Tartrate, Citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 22K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.7-2.1 M1reservoirNH42HPO4
20.05-0.1 MK,Na tartrate1reservoir
30.1 Mcitrate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X26C / 波長: 1.1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1998年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.48→20 Å / Num. all: 19808 / Num. obs: 5826 / % possible obs: 0.971 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 50.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 2.48→2.59 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.516 / % possible all: 98.6
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 98.6 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.5→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Lamzin
詳細: Partial structure factors for bulk solvent were calculated in XPLOR and incorporated into REFMAC
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.2759 567 Random
Rwork0.2171 --
all-5665 -
obs-5098 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1063 0 10 4 1077
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.03
X-RAY DIFFRACTIONplanar groups (peptides)0.016
X-RAY DIFFRACTIONplanar groups (aromatics)0.0067
X-RAY DIFFRACTIONchiral volumes0.109
X-RAY DIFFRACTIONtorsion angles (planar)3.3
X-RAY DIFFRACTIONtorsion angles (staggered)21.4
X-RAY DIFFRACTIONtorsion angles (orthonormal)26.1
X-RAY DIFFRACTIONB-factors (main chain bond)3
X-RAY DIFFRACTIONB-factors (main chain angle)4.84
X-RAY DIFFRACTIONB-factors (side chain bond)3.32
X-RAY DIFFRACTIONB-factors (side chain angle)5.4
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.276 / Rfactor Rwork: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d0.042
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr0.109

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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