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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ekf | ||||||
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タイトル | CRYSTALLOGRAPHIC STRUCTURE OF HUMAN BRANCHED CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE (MITOCHONDRIAL) COMPLEXED WITH PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE AT 1.95 ANGSTROMS (ORTHORHOMBIC FORM) | ||||||
要素 | BRANCHED CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE (MITOCHONDRIAL) | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / fold type IV | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of hormone levels / isoleucine catabolic process / L-leucine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine transaminase activity / L-valine transaminase activity / L-isoleucine transaminase activity / branched-chain amino acid biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase activity / Branched-chain amino acid catabolism ...regulation of hormone levels / isoleucine catabolic process / L-leucine:2-oxoglutarate aminotransferase activity / branched-chain-amino-acid transaminase / L-leucine transaminase activity / L-valine transaminase activity / L-isoleucine transaminase activity / branched-chain amino acid biosynthetic process / branched-chain-amino-acid transaminase activity / Branched-chain amino acid catabolism / L-leucine biosynthetic process / valine biosynthetic process / cellular response to leukemia inhibitory factor / lipid metabolic process / mitochondrial matrix / mitochondrion / nucleoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Yennawar, N.H. / Dunbar, J.H. / Conway, M. / Hutson, S.M. / Farber, G.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001 タイトル: The structure of human mitochondrial branched-chain aminotransferase. 著者: Yennawar, N. / Dunbar, J. / Conway, M. / Hutson, S. / Farber, G. #1: ジャーナル: BIOCHIM.BIOPHYS.ACTA / 年: 1997 タイトル: Cloning of the Rat and Human Mitochondrial Branched Chain Aminotransferases (BCATm) 著者: Bledsoe, R.K. / Dawson, P.A. / Hutson, S.M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ekf.cif.gz | 158.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ekf.ent.gz | 126.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ekf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/1ekf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/1ekf | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer constructed from chain A and chain B. |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41368.016 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET-28A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 参照: UniProt: O15382, branched-chain-amino-acid transaminase #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.519 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: PEG1500, HEPES, DTT, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 223 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.2 / 波長: 1.0721203 |
検出器 | 検出器: CCD / 日付: 1999年4月20日 |
放射 | モノクロメーター: SI(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0721203 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→24.29 Å / Num. all: 57217 / Num. obs: 48329 / % possible obs: 83.8 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.81 % / Biso Wilson estimate: 15.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 21.34 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / 冗長度: 1.5 % / Rmerge(I) obs: 0.414 / % possible all: 63.8 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 63.8 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 開始モデル: E. COLI BRANCHED CHAIN AMINO ACID AMINOTRANSFERASE. 解像度: 1.95→24.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 199264.81 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh and Huber 詳細: THE DENSITY FOR LOOP 172 TO 179 IN MONOMER A IS WEAK. THE DENSITY FOR THE SAME LOOP IN MONOMER B IS GOOD.
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 42.13 Å2 / ksol: 0.331 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.7 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→24.29 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | NCS model details: CONSTR | |||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.014 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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