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- PDB-1ek4: BETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE I IN COMPLEX WITH D... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ek4
タイトルBETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE I IN COMPLEX WITH DODECANOIC ACID TO 1.85 RESOLUTION
要素BETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE I
キーワードTRANSFERASE / fatty acid synthase / thiolase fold / Claisen condensation / fatty acid substrate complex
機能・相同性
機能・相同性情報


monounsaturated fatty acid biosynthetic process / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain ...Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
LAURIC ACID / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Olsen, J.G. / Kadziola, A. / Siggaard-Andersen, M. / von Wettstein-Knowles, P. / Larsen, S.
引用
ジャーナル: Structure / 年: 2001
タイトル: Structures of beta-ketoacyl-acyl carrier protein synthase I complexed with fatty acids elucidate its catalytic machinery.
著者: Olsen, J.G. / Kadziola, A. / von Wettstein-Knowles, P. / Siggaard-Andersen, M. / Larsen, S.
#1: ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999
タイトル: The X-ray crystal structure of beta-ketoacyl [acyl carrier protein] synthase I
著者: Olsen, J.G. / Kadziola, A. / von Wettstein-Knowles, P. / Siggaard-Andersen, M. / Lindquist, Y. / Larsen, S.
履歴
登録2000年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年4月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: diffrn_source / software / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42018年2月14日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow
Item: _exptl_crystal_grow.pdbx_details / _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.52018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.72024年10月30日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE I
B: BETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE I
C: BETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE I
D: BETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)177,0968
ポリマ－176,2954
非ポリマー8014
水14,160786
1
A: BETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE I
B: BETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5484
ポリマ－88,1472
非ポリマー4012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6980 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area25140 Å2
手法PISA
2
C: BETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE I
D: BETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE I
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,5484
ポリマ－88,1472
非ポリマー4012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6970 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area25230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.64, 142.26, 213.74
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological entity is a dimer. There are two dimers in the asymmetric unit, one defined by chains A and B and one defined by chains C and D

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要素

#1: タンパク質
BETA-KETOACYL [ACYL CARRIER PROTEIN] SYNTHASE I / KAS I


分子量: 44073.707 Da / 分子数: 4
変異: C163S, MRGSHHHHHHGS N-TERMINAL HIS-TAG (NOT IN MODEL)
由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P0A953, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I
#2: 化合物
ChemComp-DAO / LAURIC ACID / ラウリン酸


分子量: 200.318 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H24O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 786 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.16 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4
詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 2 % PEG400, 0.1 M bis-Tris propane, pH 6.5, resulting pH 7.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
112 mg/mlprotein1drop
21.9 Mammonium sulfate1reservoir
30.1 MBis-Tris propane1reservoir
42 %PEG4001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 260 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1998年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→28.92 Å / Num. obs: 131071 / % possible obs: 85 % / Biso Wilson estimate: 10.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052
反射 シェル解像度: 1.85→1.97 Å / Rmerge(I) obs: 0.267 / Num. unique all: 15875 / % possible all: 65.1
反射
*PLUS
% possible obs: 84 % / Rmerge(I) obs: 0.049

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS0.9精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 1.85→28.92 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Eng & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.196 6606 Random
Rwork0.173 --
obs-131071 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→28.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11932 0 56 782 12770
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedrals_d23.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_d0.76
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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