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万見
- PDB-1ejr: CRYSTAL STRUCTURE OF THE D221A VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ejr
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE D221A VARIANT OF KLEBSIELLA AEROGENES UREASE
要素
  • UREASE ALPHA SUBUNIT
  • UREASE BETA SUBUNIT
  • UREASE GAMMA SUBUNIT
キーワードHYDROLASE / alpha-beta barrel / nickel metalloenzyme
機能・相同性
機能・相同性情報


urease complex / urease / urease activity / urea catabolic process / nickel cation binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. ...Urease, subunit B / Urease, beta subunit / Urease; subunit A / Urease, gamma-like subunit / Urease, gamma subunit / : / Urease active site / Urease active site. / Urease nickel binding site / Urease nickel ligands signature. / Urease, beta subunit / Urease, alpha subunit / Urease alpha subunit, C-terminal / Urease, beta subunit superfamily / : / Urease beta subunit / Urease domain profile. / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease alpha-subunit, N-terminal domain / Urease, gamma/gamma-beta subunit / Urease, gamma subunit superfamily / Urease, gamma subunit / Urease, subunit C; domain 1 / Urease, subunit C, domain 1 / Amidohydrolase family / Metal-dependent hydrolase, composite domain superfamily / Amidohydrolase-related / Metal-dependent hydrolases / Metal-dependent hydrolase / Ribbon / Roll / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Urease subunit alpha / Urease subunit beta / Urease subunit gamma
類似検索 - 構成要素
生物種Klebsiella aerogenes (バクテリア)
手法X線回折 / 解像度: 2 Å
データ登録者Pearson, M.A. / Park, I.S. / Schaller, R.A. / Michel, L.O. / Karplus, P.A. / Hausinger, R.P.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2000
タイトル: Kinetic and structural characterization of urease active site variants.
著者: Pearson, M.A. / Park, I.S. / Schaller, R.A. / Michel, L.O. / Karplus, P.A. / Hausinger, R.P.
履歴
登録2000年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42021年11月3日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: UREASE ALPHA SUBUNIT
B: UREASE BETA SUBUNIT
A: UREASE GAMMA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)82,7095
ポリマ－82,5923
非ポリマー1172
水7,296405
1
C: UREASE ALPHA SUBUNIT
B: UREASE BETA SUBUNIT
A: UREASE GAMMA SUBUNIT
ヘテロ分子

C: UREASE ALPHA SUBUNIT
B: UREASE BETA SUBUNIT
A: UREASE GAMMA SUBUNIT
ヘテロ分子

C: UREASE ALPHA SUBUNIT
B: UREASE BETA SUBUNIT
A: UREASE GAMMA SUBUNIT
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,12815
ポリマ－247,7769
非ポリマー3526
水1629
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
Buried area46320 Å2
ΔGint-311 kcal/mol
Surface area55720 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)170.6, 170.6, 170.6
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 UREASE ALPHA SUBUNIT


分子量: 60365.344 Da / 分子数: 1 / 変異: D221A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18314, urease
#2: タンパク質 UREASE BETA SUBUNIT


分子量: 11125.690 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18315, urease
#3: タンパク質 UREASE GAMMA SUBUNIT


分子量: 11100.928 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Klebsiella aerogenes (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18316, urease
#4: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶
IDマシュー密度 (Å3/Da)溶媒含有率 (%)
12.550.87
2
結晶化
温度 (K)Crystal-ID手法pH詳細
2981蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7.5lithium sulfate, Hepes, EDTA, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
2982蒸気拡散法, ハンギングドロップ法7.5lithium sulfate, Hepes, EDTA, formate, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / pH: 7 / 詳細: Jabri, E., (1992) J.Mol.Biol., 227, 934.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlurease1drop
210 mMTris1drop
30.5 mMEDTA1drop
40.5 mMbeta-mercaptoethanol1drop
50.75-0.85 M1dropLi2SO4
650 mMHEPES1drop
71.5-1.7 M1reservoirLi2SO4
8100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12981
22981
放射光源
由来ID波長
回転陽極11.5418
回転陽極21.5418
検出器
タイプID検出器
RIGAKU RAXIS IV1IMAGE PLATE
RIGAKU RAXIS IV2IMAGE PLATE
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→100 Å / Num. obs: 55503 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.8 %
反射 シェル最高解像度: 2 Å / 冗長度: 10.6 % / % possible all: 100
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.09
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 % / Rmerge(I) obs: 0.58

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解析

ソフトウェア名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: 精密化
精密化解像度: 2→10 Å / Rfactor Rwork: 0.161 / Rfactor all: 0.161 / σ(F): 0
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5686 0 2 405 6093
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最高解像度: 2 Å / 最低解像度: 10 Å / σ(F): 0 / Rfactor obs: 0.161
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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