[日本語] English
万見
- PDB-1ej7: CRYSTAL STRUCTURE OF UNACTIVATED TOBACCO RUBISCO WITH BOUND PHOSP... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ej7
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF UNACTIVATED TOBACCO RUBISCO WITH BOUND PHOSPHATE IONS
要素
  • RUBISCO (LARGE SUBUNIT)
  • RUBISCO (SMALL SUBUNIT)
キーワードLYASE / TIM Barrel / alpha/beta barrel
機能・相同性
機能・相同性情報


photorespiration / ribulose-bisphosphate carboxylase / ribulose-bisphosphate carboxylase activity / reductive pentose-phosphate cycle / plasmodesma / chloroplast / monooxygenase activity / defense response to virus / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain ...Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit, N-terminal / Ribulose-1,5-bisphosphate carboxylase small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose 1,5 Bisphosphate Carboxylase/Oxygenase / RuBisCO large subunit, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small subunit superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase, small chain / Ribulose bisphosphate carboxylase large subunit, type I / Ribulose bisphosphate carboxylase, large chain, active site / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain active site. / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, ferrodoxin-like N-terminal / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, N-terminal domain / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal / RuBisCO / Ribulose bisphosphate carboxylase, large subunit, C-terminal domain superfamily / RuBisCO large subunit, N-terminal domain superfamily / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain, catalytic domain / Alpha-Beta Plaits / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Ribulose bisphosphate carboxylase large chain / Ribulose bisphosphate carboxylase small subunit, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Nicotiana tabacum (タバコ)
手法X線回折 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Duff, A.P. / Andrews, T.J. / Curmi, P.M.G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000
タイトル: The transition between the open and closed states of rubisco is triggered by the inter-phosphate distance of the bound bisphosphate.
著者: Duff, A.P. / Andrews, T.J. / Curmi, P.M.G.
履歴
登録2000年3月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
L: RUBISCO (LARGE SUBUNIT)
S: RUBISCO (SMALL SUBUNIT)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,5935
ポリマ－67,3082
非ポリマー2853
水3,009167
1
L: RUBISCO (LARGE SUBUNIT)
S: RUBISCO (SMALL SUBUNIT)
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)540,74640
ポリマ－538,46716
非ポリマー2,27924
水28816
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation5_656-x+1,y,-z+11
crystal symmetry operation6_566x,-y+1,-z+11
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
crystal symmetry operation8_666-y+1,-x+1,-z+11
Buried area97740 Å2
ΔGint-508 kcal/mol
Surface area128690 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)149.180, 149.180, 138.340
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11L-750-

HOH

21L-864-

HOH

31L-873-

HOH

詳細Rubisco is comprised of eight large subunits and eight small subunits. The asymmetric unit contains one large subunit and one small subunit. The other subunits can be obtained by applying crystallographic symmetries on the asymmetric unit. Rubisco is comprised of eight large subunits and eight small subunits. The asymmetric unit contains one large subunit and one small subunit.

-
要素

#1: タンパク質 RUBISCO (LARGE SUBUNIT)


分子量: 52734.785 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 器官: LEAF / Variant: WISCONSIN-38 / 参照: UniProt: P00876, ribulose-bisphosphate carboxylase
#2: タンパク質 RUBISCO (SMALL SUBUNIT)


分子量: 14573.587 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Nicotiana tabacum (タバコ) / 器官: LEAF / Variant: WISCONSIN-38 / 参照: UniProt: P69249, ribulose-bisphosphate carboxylase
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.96 %
結晶化温度: 295 K / 手法: liquid diffusion / pH: 5.2
詳細: 10microL of (tobacco rubisco 20-50mg/ml in (tris-Cl 50mm pH 7.4 at 4degC, MgCl2 20mM, NaHCO3 20mM, EDTA 0.1mM, beta-mercaptoethanol 50mM)) and 35 microL of (K2HPO4 200mM, NH4K2PO4 300mM, ...詳細: 10microL of (tobacco rubisco 20-50mg/ml in (tris-Cl 50mm pH 7.4 at 4degC, MgCl2 20mM, NaHCO3 20mM, EDTA 0.1mM, beta-mercaptoethanol 50mM)) and 35 microL of (K2HPO4 200mM, NH4K2PO4 300mM, NaN3, plus HCl to pH 5.2 at 24degC) is sealed, in contact, in a 7mm glass capillary, LIQUID DIFFUSION, temperature 295K
結晶化
*PLUS
温度: 25 ℃ / 手法: liquid-liquid diffusion
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
10.2 M11K2HPO4
20.3 M11NH4H2PO4
4389 mMphosphate11
311NaOH

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
12951
22951
32951
42951
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 2.54
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年5月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 2.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→20 Å / Num. all: 28862 / Num. obs: 27448 / % possible obs: 95.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.45 % / Biso Wilson estimate: 35.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 12
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / Rmerge(I) obs: 0.339 / % possible all: 92.2
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 92.2 %

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLORモデル構築
X-PLOR3.843精密化
X-PLOR位相決定
精密化解像度: 2.45→20 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.197 1372 Random
Rwork0.149 --
all-28862 -
obs-27448 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.45→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4608 0 15 167 4790
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.843 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
% reflection Rfree: 5 %
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 35.7 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプ
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る