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万見
- PDB-1ej2: Crystal structure of methanobacterium thermoautotrophicum nicotin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ej2
タイトルCrystal structure of methanobacterium thermoautotrophicum nicotinamide mononucleotide adenylyltransferase with bound NAD+
要素NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE
キーワードTRANSFERASE / DINUCLEOTIDE BINDING FOLD / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase / nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase activity / NAD+ biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase, archaeal type / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Saridakis, V. / Christendat, D. / Kimber, M.S. / Edwards, A.M. / Pai, E.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Insights into ligand binding and catalysis of a central step in NAD+ synthesis: structures of Methanobacterium thermoautotrophicum NMN adenylyltransferase complexes.
著者: Saridakis, V. / Christendat, D. / Kimber, M.S. / Dharamsi, A. / Edwards, A.M. / Pai, E.F.
履歴
登録2000年2月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,3794
ポリマ－20,5971
非ポリマー7823
水2,162120
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)128,27624
ポリマ－123,5816
非ポリマー4,69518
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
crystal symmetry operation10_665-y+1,-x+1,-z+1/21
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z+1/21
crystal symmetry operation12_555x,x-y,-z+1/21
Buried area21330 Å2
ΔGint-328 kcal/mol
Surface area36340 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)89.084, 89.084, 109.926
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322

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要素

#1: タンパク質 NICOTINAMIDE MONONUCLEOTIDE ADENYLYLTRANSFERASE


分子量: 20596.793 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanothermobacter thermautotrophicus (古細菌)
プラスミド: PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O26253, nicotinamide-nucleotide adenylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.76 %
結晶化手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.5 M LiSO4, 0.1 M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
21.5 M1reservoirLiSO4
3100 mMHEPES1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 1
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年10月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 20932 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 521.5 / 冗長度: 11.4 % / Biso Wilson estimate: 25 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 37
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.388 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 492526
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS0.5精密化
精密化解像度: 1.9→28.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 1082435.71 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: CNS 0.9 / 詳細: SIMULATED ANNEALING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1957 10.3 %RANDOM
Rwork0.211 ---
obs0.211 19052 91 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.04 Å2 / ksol: 0.388 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 36.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.81 Å21.62 Å20 Å2
2--0.81 Å20 Å2
3----1.61 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.27 Å0.23 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→28.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1340 0 50 120 1510
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.016
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.8
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d1.23
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.682
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.762
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.652.5
LS精密化 シェル解像度: 1.9→2.02 Å / Rfactor Rfree error: 0.016 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.263 263 10.3 %
Rwork0.251 2282 -
obs--74.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION4NAD.PARAMNAD.TOP
X-RAY DIFFRACTION5CIS_PEPTIDE.PARAMCIS_PEPTIDE.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.5 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg1.23

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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