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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eiz | ||||||
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タイトル | FTSJ RNA METHYLTRANSFERASE COMPLEXED WITH S-ADENOSYLMETHIONINE | ||||||
要素 | FTSJ | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / ftsj / methyltransferase / adomet / adenosyl methionine / heat shock proteinS / 23S RIBOSOMAL RNA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 23S rRNA (uridine2552-2'-O)-methyltransferase / rRNA (uridine-2'-O-)-methyltransferase activity / RNA methylation / rRNA processing / ribosomal large subunit assembly / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
手法 | X線回折 / 多重同系置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Bugl, H. / Fauman, E.B. / Staker, B.L. / Zheng, F. / Kushner, S.R. / Saper, M.A. / Bardwell, J.C.A. / Jakob, U. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2000 タイトル: RNA methylation under heat shock control. 著者: Bugl, H. / Fauman, E.B. / Staker, B.L. / Zheng, F. / Kushner, S.R. / Saper, M.A. / Bardwell, J.C. / Jakob, U. #1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: The FtsJ/RrmJ heat shock protein of escherichia coli is a 23 S ribosomal RNA methyltransferase. 著者: Caldas, T. / Binet, E. / Bouloc, P. / Costa, A. / Desgres, J. / Richarme, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1eiz.cif.gz | 52.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1eiz.ent.gz | 36.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1eiz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1eiz_validation.pdf.gz | 435.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1eiz_full_validation.pdf.gz | 435.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1eiz_validation.xml.gz | 5.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1eiz_validation.cif.gz | 8.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/1eiz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/1eiz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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詳細 | biological assembly is a monomer in solution |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19937.207 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / プラスミド: PET11A / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) 参照: UniProt: P28692, UniProt: P0C0R7*PLUS, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの |
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#2: 化合物 | ChemComp-SAM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.92 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.65 詳細: 1mM AdoMet, 33% PEG 4000, 0.19 M ammonium acetate, 0.1 M sodium citrate pH 5.65, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 5.7 / 手法: 蒸気拡散法 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 160 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1998年2月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 29034 / Num. obs: 24364 / % possible obs: 94 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7 % / Biso Wilson estimate: 17.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 14 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.371 / Num. unique all: 1195 / % possible all: 62.1 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.7→18.22 Å / Rfactor Rfree error: 0.007 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: bulk solvent correction
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.4512 Å2 / ksol: 0.394983 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→18.22 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.7→1.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.038 / Total num. of bins used: 10
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 1.7 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5.4 % / Rfactor obs: 0.191 / Rfactor Rwork: 0.19 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 18 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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LS精密化 シェル | *PLUS Rfactor Rfree: 0.389 / % reflection Rfree: 5.9 % / Rfactor Rwork: 0.369 |