PDB-1eie: CRYSTAL STRUCTURE OF F120W MUTANT OF BOVINE PANCREATIC RIBONUCLEASE A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1eie

タイトル

CRYSTAL STRUCTURE OF F120W MUTANT OF BOVINE PANCREATIC RIBONUCLEASE A

要素

RIBONUCLEASE A

キーワード

HYDROLASE / ribonuclease / RNase A / Bovine pancreas

機能・相同性

機能・相同性情報

pancreatic ribonuclease / ribonuclease A activity / RNA nuclease activity / nucleic acid binding / lyase activity / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能

生物種

Bos taurus (ウシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.4 Å

データ登録者

Chatani, E. / Hayashi, R. / Moriyama, H. / Ueki, T.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2002
タイトル: Conformational strictness required for maximum activity and stability of bovine pancreatic ribonuclease A as revealed by crystallographic study of three Phe120 mutants at 1.4 A resolution.
著者: Chatani, E. / Hayashi, R. / Moriyama, H. / Ueki, T.

履歴

登録	2000年2月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2002年2月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2021年11月3日	Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1eie.cif.gz	37.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1eie.ent.gz	28.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1eie.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1eie_validation.pdf.gz	421.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1eie_full_validation.pdf.gz	425.2 KB	表示
XML形式データ	1eie_validation.xml.gz	10 KB	表示
CIF形式データ	1eie_validation.cif.gz	14.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/1eie ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/1eie	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1eicC 1eidC 1fs3C 1dp1 PDB 未公開エントリ C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6xhe-2 1fs3-d 3dh5-d 1o0m-2 2w5k-2 3rat-d 1c9v-d 4qh3-2 8rat-d 1a5q-d 1rha-d 3mzr-d 3i7y-d 4s18-2 4j5z-d 3eux-1 2w5m-1 5e5e-2 4rte-d 1a5p-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (9) #143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (9)

登録構造単位

A: RIBONUCLEASE A

13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	63.900, 63.900, 63.330
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

詳細

The biological assembly is a monomer.

#1: タンパク質	RIBONUCLEASE A 分子量: 13747.361 Da / 分子数: 1 / 変異: F120W / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bos taurus (ウシ) / 器官: PANCREAS / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61823, EC: 3.1.27.5
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 238 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.68 %

結晶化

温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: ammonium sulfate, sodium chloride, sodium acetate, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

結晶化

*PLUS

温度: 25 ℃

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	詳細	化学式
1	24 mg/ml	protein	1	drop
2	100 mM	sodium acetate	1	reservoir	pH6.0
3	35 %(v/v)saturated	ammonium sulfate	1	reservoir
4	50 %(v/v)saturated		1	reservoir		NaCl

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44B2 / 波長: 0.7
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 4r / 検出器: CCD / 日付: 1999年6月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.7 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1→16.8 Å / Num. all: 80421 / Num. obs: 80099 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(I): 2 / B_iso Wilson estimate: 9.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 20.89
反射シェル	解像度: 1→1.008 Å / Num. unique all: 1759
反射	PLUS Num. measured all*: 886320

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
TRUNCATE		データ削減
X-PLOR		モデル構築
X-PLOR	3.851	精密化
CCP4	(TRUNCATE)	データスケーリング
X-PLOR		位相決定

精密化

解像度: 1.4→6 Å / R_factor R_free error: 0.005 / Data cutoff high absF: 121627.78 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.272	2993	10.2 %	RANDOM
R_work	0.218	-	-	-
all	-	29409	-	-
obs	-	29409	99.9 %	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 14 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.14 Å²	0.1 Å²	0 Å²
2-	-	0.14 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.28 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.2 Å	0.18 Å
Luzzati d res low	-	6 Å
Luzzati sigma a	-	0.1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.4→6 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	954	0	0	238	1192

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	26.5
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	0.58
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	0.94	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.5	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	1.65	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	2.28	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.4→1.45 Å / R_factor R_free error: 0.015 / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	305	10.5 %
R_work	0.249	2611	-
obs	-	-	99.9 %

Xplor file

Refine-ID	Serial no	Param file	Topol file
X-RAY DIFFRACTION	1	PROTEIN_REP.PARAM	PROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION	2	WATER_REP.PARAM	WATER.TOP

ソフトウェア

*PLUS

名称:

X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement

精密化

*PLUS

σ(F): 2 / % reflection R_free: 10.2 % / R_factor obs: 0.218

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

B_iso mean: 14 Å²

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	x_bond_d
X-RAY DIFFRACTION	x_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_dihedral_angle_deg	26.5
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	x_improper_angle_deg	0.58
X-RAY DIFFRACTION	x_mcbond_it	0.94	1.5
X-RAY DIFFRACTION	x_scbond_it	1.65	2
X-RAY DIFFRACTION	x_mcangle_it	1.5	2
X-RAY DIFFRACTION	x_scangle_it	2.28	2.5

LS精密化シェル

*PLUS

R_factor R_free: 0.254 / % reflection R_free: 10.5 % / R_factor R_work: 0.249

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)