PDB-1ei0: NMR STRUCTURE OF THE ALPHA-HELICAL HAIRPIN OF P8MTCP1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1ei0

タイトル

NMR STRUCTURE OF THE ALPHA-HELICAL HAIRPIN OF P8MTCP1

要素

P8MTCP1

キーワード

CELL CYCLE / HELIX-TURN-HELIX / DISULFIDE BRIDGES

機能・相同性

Mature-T-Cell Proliferation I type / Cx9C motif-containing protein 4 / Cysteine alpha-hairpin motif superfamily / Mitochondrial protein import / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / mitochondrial intermembrane space / mitochondrion / Cx9C motif-containing protein 4

機能・相同性情報

手法

溶液NMR / distance geometry, molecular dynamics

Model type details

minimized average

データ登録者

Barthe, P. / Rochette, S. / Vita, C. / Roumestand, C.

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: Synthesis and NMR solution structure of an alpha-helical hairpin stapled with two disulfide bridges.
著者: Barthe, P. / Rochette, S. / Vita, C. / Roumestand, C.

履歴

登録	2000年2月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2001年2月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月27日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年2月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.4	2024年10月30日	Group: Data collection / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1ei0.cif.gz	19.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1ei0.ent.gz	11.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1ei0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1ei0_validation.pdf.gz	240.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1ei0_full_validation.pdf.gz	240.2 KB	表示
XML形式データ	1ei0_validation.xml.gz	1.9 KB	表示
CIF形式データ	1ei0_validation.cif.gz	2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/1ei0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/1ei0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1hp8 2hp8
類似構造データ	2k76-d 5woc-d 1ce4-d 2kjm-d 2jsb-d 4e0l-2 2bn6-d 3ni3-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#36 - 2002年12月シトクロムc (Cytochrome c) 類似性 (1) #5 - 2000年5月シトクロムc酸化酵素 (Cytochrome c Oxidase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: P8MTCP1

4.28 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	1 / -
代表モデル		minimized average structure

#1: タンパク質・ペプチド	P8MTCP1 / MATURE T-CELL PROLIFERATION-1 TYPE A 分子量: 4278.923 Da / 分子数: 1 / 断片: ALPHA-HELICAL HAIRPIN MOTIF OF P8MTCP1 / 由来タイプ: 合成詳細: The sequence is found naturally in Homo sapiens (humans). 参照: UniProt: P56277
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: 溶液NMR
NMR実験	タイプ: 2D NOESY
NMR実験の詳細	Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

-
試料調製

詳細	内容: 2mM alpha2-p8 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 0 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker AMX / 製造業者: Bruker / モデル: AMX / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
UXNMR	94	Bruker	collection
Gifa	4.2	Delsuc	データ解析
DIANA	2.1	Guntert	構造決定
Amber	4.1	Pearlman	精密化

精密化

手法: distance geometry, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 322 restraints, 285 are NOE-derived distance constraints, 29 dihedral angle restraints, no distance restraints from hydrogen bonds.

代表構造

選択基準: minimized average structure

NMRアンサンブル

登録したコンフォーマーの数: 1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)