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- PDB-1ehj: A PROTON-NMR INVESTIGATION OF THE FULLY REDUCED CYTOCHROME C7 FRO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ehj
タイトルA PROTON-NMR INVESTIGATION OF THE FULLY REDUCED CYTOCHROME C7 FROM DESULFUROMONAS ACETOXIDANS
要素CYTOCHROME C7
キーワードELECTRON TRANSPORT / multi-heme
機能・相同性
機能・相同性情報


anaerobic respiration / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome c, class III / Cytochrome C3 / Cytochrome C3 / Multiheme cytochrome superfamily / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cytochrome c3
類似検索 - 構成要素
生物種Desulfuromonas acetoxidans (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics restrained energy minimization
データ登録者Assfalg, M. / Banci, L. / Bertini, I. / Bruschi, M. / Giudici-Orticoni, M.T.
引用
ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1999
タイトル: A proton-NMR investigation of the fully reduced cytochrome c7 from Desulfuromonas acetoxidans. Comparison between the reduced and the oxidized forms.
著者: Assfalg, M. / Banci, L. / Bertini, I. / Bruschi, M. / Giudici-Orticoni, M.T.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: 800 MHz 1H NMR solution structure refinement of oxidized cytochrome c7 from Desulfuromonas acetoxidans.
著者: Assfalg, M. / Banci, L. / Bertini, I. / Bruschi, M. / Turano, P.
#2: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1996
タイトル: NMR characterization and solution structure determination of the oxidized cytochrome c7 from Desulfuromonas acetoxidans.
著者: Banci, L. / Bertini, I. / Bruschi, M. / Sompornpisut, P. / Turano, P.
履歴
登録2000年2月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYTOCHROME C7
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1364
ポリマ－7,2801
非ポリマー1,8563
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)1 / -
代表モデル

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要素

#1: タンパク質 CYTOCHROME C7


分子量: 7280.309 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Desulfuromonas acetoxidans (バクテリア)
参照: UniProt: P00137
#2: 化合物 ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111TOCSY
221TOCSY
331TOCSY
2412D NOESY
3512D NOESY
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using standard 2D homonuclear techniques.

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試料調製

詳細内容: 2-3mM cytochrome 1H; 100mM phosphate buffer / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
15.5ambient 292 K
26.5ambient 292 K
38ambient 292 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AMXBrukerAMX5002

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解析

NMR software
名称バージョン分類
Amber4.1精密化
DYANA1.5構造決定
XEASY3.1データ解析
XwinNMR解析
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics restrained energy minimization
ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on a total of 1352 NOE-derived constraints
NMRアンサンブル登録したコンフォーマーの数: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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