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万見
- PDB-1eg2: CRYSTAL STRUCTURE OF RHODOBACTER SPHEROIDES (N6 ADENOSINE) METHYL... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eg2
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RHODOBACTER SPHEROIDES (N6 ADENOSINE) METHYLTRANSFERASE (M.RSRI)
要素MODIFICATION METHYLASE RSRI
キーワードTRANSFERASE / Rossmann Fold / exocyclic amino DNA methyltransferase RsrI / DNA binding / DNA modification / DNA methylation / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


N-methyltransferase activity / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) / site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific) activity / DNA restriction-modification system / methylation / DNA binding
類似検索 - 分子機能
N4/N6-methyltransferase, Type III restriction-modification enzyme EcoPI Mod subunit-like / DNA methylase N-4/N-6 / DNA methylase / N-6 Adenine-specific DNA methylases signature. / DNA methylase, N-6 adenine-specific, conserved site / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / Type II methyltransferase M.RsrI
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Scavetta, R.D. / Thomas, C.B. / Walsh, M.A. / Szegedi, S. / Joachimiak, A. / Gumport, R.I. / Churchill, M.E.A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2000
タイトル: Structure of RsrI methyltransferase, a member of the N6-adenine beta class of DNA methyltransferases.
著者: Scavetta, R.D. / Thomas, C.B. / Walsh, M.A. / Szegedi, S. / Joachimiak, A. / Gumport, R.I. / Churchill, M.E.
履歴
登録2000年2月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MODIFICATION METHYLASE RSRI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,0002
ポリマ－35,7021
非ポリマー2971
水4,089227
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: MODIFICATION METHYLASE RSRI
ヘテロ分子

A: MODIFICATION METHYLASE RSRI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,9994
ポリマ－71,4042
非ポリマー5952
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area4600 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area24110 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)70.420, 130.253, 67.284
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 MODIFICATION METHYLASE RSRI / ADENINE-SPECIFIC METHYLTRANSFERASE RSRI / M.RSRI


分子量: 35702.191 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodobacter sphaeroides (バクテリア)
プラスミド: PET28A
参照: UniProt: P14751, site-specific DNA-methyltransferase (adenine-specific)
#2: 化合物 ChemComp-MTA / 5'-DEOXY-5'-METHYLTHIOADENOSINE / メチルチオアデノシン


分子量: 297.334 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H15N5O3S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 227 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.6
詳細: 1.5 M Li2SO4, 0.1 M HEPES, 0.5% NaAzide, 10 mM EDTA, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K
結晶化
*PLUS
pH: 7.4 / 手法: unknown
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
11.5 M11LiSO4
2100 mMHEPES11
310 mMEDTA11

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
1931
2931
放射光源
由来サイトビームラインID波長
シンクロトロンNSLS X12C11
シンクロトロンAPS 19-ID2
検出器
タイプID検出器日付
BRANDEIS1CCD1998年6月5日
3x3 mosaic in house2CCD1998年8月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→35.33 Å / Num. all: 188165 / Num. obs: 68339 / % possible obs: 94.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 18.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.035 / Net I/σ(I): 13.2
反射 シェル解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.242 / Num. unique all: 2281 / % possible all: 93.9
反射
*PLUS
最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 20 Å / Num. obs: 20741 / Num. measured all: 69339
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.9 % / Num. unique obs: 2281 / Num. measured obs: 2873 / Mean I/σ(I) obs: 4.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XTAL1=MARMADデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
CNS精密化
MARMADデータ削減
DENZOデータ削減
精密化解像度: 1.75→35.21 Å / σ(F): 0 / σ(I): 2
立体化学のターゲット値: bond violations=0.05 angle violations=8.0 dihedral violations=60.0 improper violations=3.0 reported close contacts=2.5 lower resolution limit for coordinate error estimation=5.0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25 3140 -random 10% pick using make_cv.inp of CNS.
Rwork0.214 ---
all-31646 --
obs-31393 99.2 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→35.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2146 0 20 227 2393
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0050.05
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.38
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg22.960
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg0.733
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.24 / Rfactor Rwork: 0.21
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.15
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg22.66
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.08
LS精密化 シェル
*PLUS
最高解像度: 1.75 Å / 最低解像度: 1.81 Å / Rfactor Rfree: 0.28 / Rfactor Rwork: 0.27

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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