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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1efz | ||||||
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タイトル | MUTAGENESIS AND CRYSTALLOGRAPHIC STUDIES OF ZYMOMONAS MOBILIS TRNA-GUANINE TRANSGLYCOSYLASE TO ELUCIDATE THE ROLE OF SERINE 103 FOR ENZYMATIC ACTIVITY | ||||||
要素 | TRNA-GUANINE TRANSGLYCOSYLASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / TRNA-MODIFYING ENZYME / GLYCOSYLTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase / tRNA wobble guanine modification / tRNA-guanosine(34) queuine transglycosylase activity / tRNA-guanine transglycosylation / queuosine biosynthetic process / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Zymomonas mobilis (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Gradler, U. / Ficner, R. / Garcia, G.A. / Stubbs, M.T. / Klebe, G. / Reuter, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: FEBS Lett. / 年: 1999 タイトル: Mutagenesis and crystallographic studies of Zymomonas mobilis tRNA-guanine transglycosylase to elucidate the role of serine 103 for enzymatic activity. 著者: Gradler, U. / Ficner, R. / Garcia, G.A. / Stubbs, M.T. / Klebe, G. / Reuter, K. #1: ジャーナル: Embo J. / 年: 1996 タイトル: Crystal Structure of tRNA-Guanine Transglycosylase: RNA Modification by Base Exchange. 著者: Romier, C. / Reuter, K. / Suck, D. / Ficner, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1efz.cif.gz | 93.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1efz.ent.gz | 69.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1efz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/1efz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/1efz | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42909.703 Da / 分子数: 1 / 変異: S103A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zymomonas mobilis (バクテリア) / プラスミド: PET9D / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: P28720, tRNA-guanosine34 preQ1 transglycosylase |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 化合物 | ChemComp-PRF / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.03 % | ||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: PEG 8000, tris, dtt, dmso, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K | ||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 25 ℃ | ||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年5月27日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→71 Å / Num. obs: 27018 / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 0.001 / Rmerge(I) obs: 0.057 |
反射 | *PLUS % possible obs: 97.4 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→71 Å / σ(F): 2 / σ(I): 0.001 /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→71 Å
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拘束条件 |
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