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- PDB-1efx: STRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THE HUMAN NATURAL KILLER CELL RECE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1efx
タイトルSTRUCTURE OF A COMPLEX BETWEEN THE HUMAN NATURAL KILLER CELL RECEPTOR KIR2DL2 AND A CLASS I MHC LIGAND HLA-CW3
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • HLA-CW3 (HEAVY CHAIN)
  • NATURAL KILLER CELL RECEPTOR KIR2DL2
  • PEPTIDE FROM IMPORTIN ALPHA-2
キーワードIMMUNE SYSTEM / MHC / HLA / class I / KIR / NK cell receptor / Immunoglobulin fold / receptor-MHC complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Sensing of DNA Double Strand Breaks / regulation of DNA recombination / immune response-regulating signaling pathway / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / nuclear import signal receptor activity ...Sensing of DNA Double Strand Breaks / regulation of DNA recombination / immune response-regulating signaling pathway / entry of viral genome into host nucleus through nuclear pore complex via importin / positive regulation of viral life cycle / NS1 Mediated Effects on Host Pathways / NLS-dependent protein nuclear import complex / NLS-bearing protein import into nucleus / nuclear localization sequence binding / nuclear import signal receptor activity / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / DNA metabolic process / TAP binding / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / positive regulation of type I interferon production / secretory granule membrane / negative regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / DAP12 interactions / transferrin transport / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / regulation of erythrocyte differentiation / HFE-transferrin receptor complex / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / positive regulation of immune response / MHC class I protein complex / positive regulation of T cell activation / peptide antigen binding / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of neurogenesis / cellular response to nicotine / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / histone deacetylase binding / specific granule lumen / phagocytic vesicle membrane / recycling endosome membrane / Interferon gamma signaling / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / protein import into nucleus / negative regulation of epithelial cell proliferation / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / MHC class II protein complex binding / Interferon alpha/beta signaling / Modulation by Mtb of host immune system / late endosome membrane / sensory perception of smell / positive regulation of cellular senescence / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / T cell differentiation in thymus / host cell / negative regulation of neuron projection development / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / nuclear membrane / protein homotetramerization / Estrogen-dependent gene expression / amyloid fibril formation / adaptive immune response / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / signaling receptor binding / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / external side of plasma membrane / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
: / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat ...: / Importin subunit alpha / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain superfamily / Importin beta binding domain / Atypical Arm repeat / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / Armadillo/plakoglobin ARM repeat profile. / Armadillo/beta-catenin-like repeat / Armadillo/beta-catenin-like repeats / Armadillo / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Armadillo-like helical / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Armadillo-type fold / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / HLA class I histocompatibility antigen, C alpha chain / Killer cell immunoglobulin-like receptor 2DL2 / Importin subunit alpha-1 / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Boyington, J.C. / Motyka, S.A. / Schuck, P. / Brooks, A.G. / Sun, P.D.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 2000
タイトル: Crystal structure of an NK cell immunoglobulin-like receptor in complex with its class I MHC ligand.
著者: Boyington, J.C. / Motyka, S.A. / Schuck, P. / Brooks, A.G. / Sun, P.D.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1999
タイトル: Crystal Structure of the HLA-Cw3 Allotype-specific Killer Cell Inhibitory Receptor KIR2DL2
著者: Snyder, G.A. / Brooks, A.G. / Sun, P.D.
履歴
登録2000年2月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA-CW3 (HEAVY CHAIN)
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: PEPTIDE FROM IMPORTIN ALPHA-2
D: NATURAL KILLER CELL RECEPTOR KIR2DL2
E: NATURAL KILLER CELL RECEPTOR KIR2DL2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,0345
ポリマ－89,0345
非ポリマー00
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.540, 90.330, 207.270
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is the 1:1 complex between KIR2DL2 and HLA-Cw3 observed in the asymmetric unit The biological assembly is the 1:1 complex between KIR2DL2 and HLA-Cw3 observed in the asymmetric unit

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要素

#1: タンパク質 HLA-CW3 (HEAVY CHAIN)


分子量: 32185.391 Da / 分子数: 1 / 断片: EXTRACELLULAR ALPHA-1, ALPHA-2 AND ALPHA-3 DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: MODIFIED PET30A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 495038, UniProt: P10321*PLUS
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: MATURE FORM / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: MODIFIED PET30A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド PEPTIDE FROM IMPORTIN ALPHA-2


分子量: 868.029 Da / 分子数: 1 / 断片: RESIDUES 204-212 / 由来タイプ: 合成
詳細: This peptide was chemically synthesized. The sequence is naturally found in homo sapiens (human).
参照: UniProt: P52292
#4: タンパク質 NATURAL KILLER CELL RECEPTOR KIR2DL2


分子量: 22050.682 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR D1 AND D2 DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: MODIFIED PET30A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43627
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG 20000, calcium chloride, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K
結晶化
*PLUS
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
110 mg/mlprotein1drop
26 %PEG200001reservoir
350 mM1reservoirCaCl2
450 mMsodium cacodylate1reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 1.0358
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 1999年7月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0358 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→30 Å / Num. all: 25779 / Num. obs: 24517 / % possible obs: 92.1 % / Observed criterion σ(I): -0.5 / 冗長度: 4.2 % / Biso Wilson estimate: 63.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 15.6
反射 シェル解像度: 3→3.11 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.327 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 2321 / % possible all: 75.4
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 75.4 % / Num. unique obs: 1976

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS0.9精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: KIR2DL2 (PDB ENTRY 2DL2) and HLA-A2 (PDB ENTRY 1B0G)

2dl2

1b0g


解像度: 3→10 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 2163178.14 / Data cutoff high rms absF: 2163178.14 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: GROUP / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: Bulk solvent model used
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.294 1085 4.8 %Random
Rwork0.231 ---
all0.212 23289 --
obs0.209 22800 88.5 %-
溶媒の処理溶媒モデル: flat model / Bsol: 42.0521 Å2 / ksol: 0.28471 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 63.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-12.6 Å20 Å20 Å2
2--15.3 Å20 Å2
3----27.9 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.52 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.83 Å0.7 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→10 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6226 0 0 185 6411
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
LS精密化 シェル解像度: 3→3.18 Å / Rfactor Rfree error: 0.039 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.456 134 4.6 %
Rwork0.394 2788 -
obs--69.3 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.param
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 0.9 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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