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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1efo | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF AN ADENINE BULGE IN THE RNA CHAIN OF A DNA/RNA HYBRID, D(CTCCTCTTC)/R(GAAGAGAGAG) | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA-RNA HYBRID / A-FORM CONFORMATION / HYBRID / ADENINE BULGE / LOOPED OUT / DNA-RNA COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | DNA / RNA 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Sudarsanakumar, C. / Xiong, Y. / Sundaralingam, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Crystal structure of an adenine bulge in the RNA chain of a DNA.RNA hybrid, d(CTCCTCTTC).r(gaagagagag). 著者: Sudarsanakumar, C. / Xiong, Y. / Sundaralingam, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1efo.cif.gz | 18.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1efo.ent.gz | 11.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1efo.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1efo_validation.pdf.gz | 384 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1efo_full_validation.pdf.gz | 384 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1efo_validation.xml.gz | 2.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1efo_validation.cif.gz | 3.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/1efo ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/1efo | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2617.723 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 3327.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.62 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: MPD, LITHIUM CHLORIDE, SPERMINE TETRACHLORIDE, CACODYLATE, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 297 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年7月22日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→10 Å / Num. all: 2880 / Num. obs: 2486 / % possible obs: 91.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.07 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.08 / % possible all: 71.3 |
反射 | *PLUS Num. obs: 2578 / Rmerge(I) obs: 0.069 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 71.3 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.3→10 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / σ(I): 1
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→10 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 10 Å / σ(F): 2 / % reflection Rfree: 9 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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