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- PDB-1ee9: CRYSTAL STRUCTURE OF THE NAD-DEPENDENT 5,10-METHYLENETETRAHYDROFO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ee9
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF THE NAD-DEPENDENT 5,10-METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE FROM SACCHAROMYCES CEREVISIAE COMPLEXED WITH NAD
要素5,10-METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / NUCLEOTIDE-BINDING DOMAIN / PROTEIN-NAD COMPLEX / MONOFUNCTIONAL / DEHYDROGENASE / FOLATE
機能・相同性
機能・相同性情報


methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) / folic acid-containing compound biosynthetic process / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+) activity / purine nucleobase biosynthetic process / methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NADP+) activity / purine nucleotide biosynthetic process / one-carbon metabolic process / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Methylenetetrahydrofolate dehydrogenase, NAD-binding domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...Methylenetetrahydrofolate dehydrogenase, NAD-binding domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, catalytic domain / Tetrahydrofolate dehydrogenase/cyclohydrolase, NAD(P)-binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Methylenetetrahydrofolate dehydrogenase [NAD(+)]
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 3 Å
データ登録者Monzingo, A.F. / Breksa, A. / Ernst, S. / Appling, D.R. / Robertus, J.D.
引用
ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2000
タイトル: The X-ray structure of the NAD-dependent 5,10-methylenetetrahydrofolate dehydrogenase from Saccharomyces cerevisiae.
著者: Monzingo, A.F. / Breksa, A. / Ernst, S. / Appling, D.R. / Robertus, J.D.
#1: ジャーナル: Proteins / 年: 1996
タイトル: Crystallization of the NAD-dependent 5,10-methylenetetrahydrofolate Dehydrogenase from Saccharomyces cerevisiae
著者: Monzingo, A.F. / West, M.G. / Schelp, E. / Appling, D.R. / Robertus, J.D.
履歴
登録2000年1月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5,10-METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,9482
ポリマ－36,2851
非ポリマー6631
水1086
1
A: 5,10-METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子

A: 5,10-METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,8964
ポリマ－72,5692
非ポリマー1,3272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
単位格子
Length a, b, c (Å)73.600, 73.600, 161.601
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 5,10-METHYLENETETRAHYDROFOLATE DEHYDROGENASE


分子量: 36284.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q02046, methylenetetrahydrofolate dehydrogenase (NAD+)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.2
詳細: PEG 8000, Tris-HCl, pH 8.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: Monzingo, A.F., (1996) Proteins: Struct., Funct., Genet., 26, 481.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
17 %PEG80001reservoir
250 mMTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. all: 8474 / Num. obs: 8474 / % possible obs: 81.3 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 11.3
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.578 / Num. unique all: 726 / % possible all: 73
反射 シェル
*PLUS
Mean I/σ(I) obs: 2.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.851精密化
精密化構造決定の手法: DIFFERENCE FOURIER / 解像度: 3→20 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.36 408 -random
Rwork0.248 ---
all0.254 7391 --
obs0.254 7391 78.4 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2511 0 44 6 2561
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.004
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.216
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.851 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.25 / Rfactor obs: 0.25 / Rfactor Rwork: 0.25
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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