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- PDB-1ee1: CRYSTAL STRUCTURE OF NH3-DEPENDENT NAD+ SYNTHETASE FROM BACILLUS ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ee1
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NH3-DEPENDENT NAD+ SYNTHETASE FROM BACILLUS SUBTILIS COMPLEXED WITH ONE MOLECULE ATP, TWO MOLECULES DEAMIDO-NAD+ AND ONE MG2+ ION
要素NH(3)-DEPENDENT NAD(+) SYNTHETASE
キーワードLIGASE / LYASE / AMIDOTRANSFERASE / NH3 DEPENDENT / ATP PYROPHOSPHATASE
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+ synthase / NAD+ synthase activity / NAD+ synthase (glutamine-hydrolyzing) activity / NAD+ biosynthetic process / glutaminase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
NH(3)-dependent NAD(+) synthetase / NAD(+) synthetase / NAD/GMP synthase / NAD synthase / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / NICOTINIC ACID ADENINE DINUCLEOTIDE / NH(3)-dependent NAD(+) synthetase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / 解像度: 2.06 Å
データ登録者Devedjiev, Y. / Symersky, J. / Singh, R. / Jedrzejas, M. / Brouillette, C. / Brouillette, W. / Muccio, D. / Chattopadhyay, D. / Delucas, L.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2001
タイトル: Stabilization of active-site loops in NH3-dependent NAD+ synthetase from Bacillus subtilis.
著者: Devedjiev, Y. / Symersky, J. / Singh, R. / Jedrzejas, M. / Brouillette, C. / Brouillette, W. / Muccio, D. / Chattopadhyay, D. / DeLucas, L.
#1: ジャーナル: AM.CRYST.ASSOC.,ABSTR.PAPERS (SUMMER MEETING)
年: 1997
タイトル: Asymmetric Complex of NAD+ Synthetase with Natural Substrates ATP Deamido-NAD+
著者: Devedjiev, Y. / Singh, R. / Brouillette, C. / Muccio, D. / Brouillette, W. / DeLucas, L. / Jedzejas, M.
#2: ジャーナル: AM.CRYST.ASSOC.,ABSTR.PAPERS (SUMMER MEETING)
年: 1998
タイトル: Catalytic Cycle of NAD+ Synthetase Viewed by X-Ray Structures of Kinetic Intermediates
著者: Devedjiev, Y. / Singh, R. / Brouillette, C. / Muccio, D. / Brouillette, W. / DeLucas, L. / Jedzejas, M.
履歴
登録2000年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年6月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月4日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NH(3)-DEPENDENT NAD(+) SYNTHETASE
B: NH(3)-DEPENDENT NAD(+) SYNTHETASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,4706
ポリマ－60,6082
非ポリマー1,8624
水7,152397
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8560 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area20670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)52.98, 86.69, 60.48
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 111.18, 90.0
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 NH(3)-DEPENDENT NAD(+) SYNTHETASE / NAD(+) SYNTHETASE


分子量: 30303.994 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: NADE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P08164, NAD+ synthase (glutamine-hydrolysing)
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-DND / NICOTINIC ACID ADENINE DINUCLEOTIDE / DEAMIDO-NAD+ / 3-(カルボキシラト)-1-[5-O-[(5′-アデニリルオキシ)オキシラトホスフィニル]-β-D-リボフラノシル]ピ(以下略)


分子量: 665.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N6O15P2
#4: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.42 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.2
詳細: PEG400, sodium acetate, magnesium chloride, adenosine triphosphate, deamido-NAD+, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, temperature 298.0K
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
120 mMsodium acetate1drop
250 mM1dropMgCl2
32.5 mMbeta-mercaptoethanol1drop
415 mg/mlprotein1drop
521-23 %(v/v)PEG4001reservoir
60.1 Msodium acetate1reservoir
750 mM1reservoirMgCl2
85 mMNaAD1reservoir
90.5 mMATP1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年3月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.06→20 Å / Num. all: 98810 / Num. obs: 33464 / % possible obs: 95.6 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 25.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 13.3
反射 シェル解像度: 2.06→2.13 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.156 / Num. unique all: 2584 / % possible all: 82.6
反射
*PLUS
Num. obs: 30068 / % possible obs: 95.4 % / Num. measured all: 136657 / Rmerge(I) obs: 0.05
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 83 % / Mean I/σ(I) obs: 7.8

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解析

ソフトウェア
名称分類
X-PLOR精密化
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.06→6 Å / σ(F): 1 / σ(I): 1 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Used weighted least squares procedure. ALL PORTIONS OF THE BACKBONE IN SUBUNIT A ARE WELL ORDERED. HOWEVER, BACKBONE ATOMS AND THE SIDE CHAINS OF RESIDUES 83-86 AND 205-225 IN SUBUNIT B ARE ...詳細: Used weighted least squares procedure. ALL PORTIONS OF THE BACKBONE IN SUBUNIT A ARE WELL ORDERED. HOWEVER, BACKBONE ATOMS AND THE SIDE CHAINS OF RESIDUES 83-86 AND 205-225 IN SUBUNIT B ARE NOT VISIBLE ON THE ELECTRON DENSITY MAP. THE NICOTINIC ACID MOIETY OF DEAMIDO-NAD BOUND TO SUBUNIT B IS DISORDERED AS WELL, THOUGH THE REMAINDER OF THE SUBSTRATE IS WELL ORDERED. COORDINATES OF THE NICOTINIC ACID MOIETY IN SUBUNIT B ARE PRESENTED FOR REFERENCE. ATP BINDING SITE IN SUBUNIT A IS FULLY OCCUPIED, HOWEVER, NO BINDING OF ATP AND MG2+ WAS FOUND IN SUBUNIT B.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.219 1240 -RANDOM
Rwork0.154 ---
all0.154 28724 --
obs0.154 23848 95 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.06→6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4068 0 120 397 4585
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.07
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 6 Å / Num. reflection obs: 29684 / σ(F): 1 / Rfactor obs: 0.158
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.013
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg2.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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