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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1edr | ||||||||||||||||||
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タイトル | MOLECULAR AND CRYSTAL STRUCTURE OF D(CGCGMO6AATTCGCG) AT 1.6 ANGSTROM | ||||||||||||||||||
![]() | 5'-D(*![]() DNA / B-DNA / DOUBLE HELIX / DEOXYRIBONUCLEIC ACID / MODIFIED NUCLEOTIDE / METHOXYADENOSINE / DAMAGED DNA | 機能・相同性 | SPERMINE / DNA / DNA (> 10) | ![]() 手法 | ![]() ![]() ![]() Chatake, T. / Hikima, T. / Ono, A. / Ueno, Y. / Matsuda, A. / Takenaka, A. | ![]() ![]() タイトル: Crystallographic studies on damaged DNAs. II. N(6)-methoxyadenine can present two alternate faces for Watson-Crick base-pairing, leading to pyrimidine transition mutagenesis. 著者: Chatake, T. / Hikima, T. / Ono, A. / Ueno, Y. / Matsuda, A. / Takenaka, A. 履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 27.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 17.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 333.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 335.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 1.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 3.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 457dC C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3693.418 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 #2: 化合物 | ChemComp-MG / | #3: 化合物 | ChemComp-SPM / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.26 % | ||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: MPD, MAGNESIUM ACETATE, SPERMINE TETRAHYDROCHLORIDE, NACL, SODIUM CACODYLATE, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277.0K | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
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結晶化 | *PLUS 手法: unknown | ||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 |
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放射光源 |
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検出器 |
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放射 |
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放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.6→100 Å / Num. all: 7518 / Num. obs: 7518 / % possible obs: 79.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 17.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 14.4 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.085 / % possible all: 61.9 | |||||||||||||||
反射 | *PLUS 最低解像度: 100 Å / Num. measured all: 28875 | |||||||||||||||
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 59.5 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.6→5 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3 / 立体化学のターゲット値: PARKINSON ET AL.
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.6→5 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最低解像度: 5 Å / σ(F): 3 / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor Rfree: 0.27 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.1 |