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- PDB-1edn: HUMAN ENDOTHELIN-1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1edn
タイトルHUMAN ENDOTHELIN-1
要素ENDOTHELIN-1
キーワードVASOCONSTRICTOR / SIGNAL POLYPEPTIDE G-PROTEIN COUPLED-RECEPTOR LIGAND
機能・相同性
機能・相同性情報


: / endothelin A receptor binding / rhythmic excitation / negative regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / positive regulation of artery morphogenesis ...: / endothelin A receptor binding / rhythmic excitation / negative regulation of phospholipase C/protein kinase C signal transduction / peptide hormone secretion / endothelin B receptor binding / cellular response to human chorionic gonadotropin stimulus / meiotic cell cycle process involved in oocyte maturation / semaphorin-plexin signaling pathway involved in axon guidance / positive regulation of artery morphogenesis / cellular response to mineralocorticoid stimulus / histamine secretion / neural crest cell fate commitment / vein smooth muscle contraction / glomerular endothelium development / response to prostaglandin F / sympathetic neuron axon guidance / positive regulation of sarcomere organization / noradrenergic neuron differentiation / leukocyte activation / phospholipase D-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / maternal process involved in parturition / positive regulation of chemokine-mediated signaling pathway / body fluid secretion / rough endoplasmic reticulum lumen / positive regulation of renal sodium excretion / pharyngeal arch artery morphogenesis / regulation of D-glucose transmembrane transport / endothelin receptor signaling pathway involved in heart process / positive regulation of odontogenesis / epithelial fluid transport / cardiac neural crest cell migration involved in outflow tract morphogenesis / negative regulation of hormone secretion / response to ozone / Weibel-Palade body / endothelin receptor signaling pathway / podocyte differentiation / positive regulation of cation channel activity / positive regulation of cell growth involved in cardiac muscle cell development / response to leptin / renal sodium ion absorption / axonogenesis involved in innervation / glomerular filtration / positive regulation of smooth muscle contraction / artery smooth muscle contraction / positive regulation of prostaglandin secretion / cellular response to follicle-stimulating hormone stimulus / cellular response to luteinizing hormone stimulus / vasoconstriction / respiratory gaseous exchange by respiratory system / regulation of pH / basal part of cell / response to salt / positive regulation of urine volume / regulation of systemic arterial blood pressure by endothelin / positive regulation of hormone secretion / cellular response to toxic substance / embryonic heart tube development / dorsal/ventral pattern formation / cellular response to fatty acid / cartilage development / axon extension / positive regulation of neutrophil chemotaxis / prostaglandin biosynthetic process / superoxide anion generation / signal transduction involved in regulation of gene expression / negative regulation of protein metabolic process / middle ear morphogenesis / nitric oxide transport / cellular response to glucocorticoid stimulus / branching involved in blood vessel morphogenesis / response to dexamethasone / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy / response to testosterone / negative regulation of smooth muscle cell apoptotic process / thyroid gland development / cAMP/PKA signal transduction / membrane depolarization / cellular response to interleukin-1 / negative regulation of blood coagulation / positive regulation of cell size / canonical Wnt signaling pathway / response to amino acid / regulation of vasoconstriction / cellular response to transforming growth factor beta stimulus / positive regulation of heart rate / transport vesicle / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / response to muscle stretch / ERK1 and ERK2 cascade / Transcriptional and post-translational regulation of MITF-M expression and activity / response to amphetamine / positive regulation of endothelial cell migration / positive regulation of mitotic nuclear division / positive regulation of calcium-mediated signaling / cellular response to calcium ion / Peptide ligand-binding receptors / response to activity / cytokine activity / response to nicotine
類似検索 - 分子機能
Endothelin-like toxin / Endothelin-like toxin, conserved site / Endothelin / Endothelin family / Endothelin family signature. / Endothelin
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 解像度: 2.18 Å
データ登録者Wallace, B.A. / Janes, R.W.
引用
ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1994
タイトル: The crystal structure of human endothelin.
著者: Janes, R.W. / Peapus, D.H. / Wallace, B.A.
#1: ジャーナル: To be Published
タイトル: Comparison of the Structure of the Endothelin Receptor Agonist Bq123 with the Crystal Structure of the C-Terminal Tail of Endothelin
著者: Peishoff, C.E. / Janes, R.W. / Wallace, B.A.
#2: ジャーナル: Protein Sci. / 年: 1995
タイトル: A Comparison of X-Ray and NMR Structures for Human Endothelin-1
著者: Wallace, B.A. / Janes, R.W. / Bassolino, D. / Krystek Junior, S.
履歴
登録1994年9月19日処理サイト: BNL
改定 1.01995年10月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ENDOTHELIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,4981
ポリマ－2,4981
非ポリマー00
水00
1
A: ENDOTHELIN-1

A: ENDOTHELIN-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,9962
ポリマ－4,9962
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/61
単位格子
Length a, b, c (Å)33.350, 33.350, 59.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質・ペプチド ENDOTHELIN-1


分子量: 2497.951 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P05305
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.43 %
結晶化
*PLUS
手法: x-ray capillaries
溶液の組成
*PLUS
濃度: 9 mg/ml

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データ収集

放射光源波長: 1.54
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1992年11月12日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.18→8 Å / Num. obs: 1876 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.107
反射
*PLUS
Num. measured all: 8907 / Rmerge(I) obs: 0.107

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 2.18→8 Å / σ(F): 3 /
Rfactor反射数%反射
obs0.199 8907 75 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.18→8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数171 0 0 0 171
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg3.96
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONo_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d26.8
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d2.8
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONo_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONo_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONo_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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