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万見
- PDB-1ed7: SOLUTION STRUCTURE OF THE CHITIN-BINDING DOMAIN OF BACILLUS CIRCU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ed7
タイトルSOLUTION STRUCTURE OF THE CHITIN-BINDING DOMAIN OF BACILLUS CIRCULANS WL-12 CHITINASE A1
要素CHITINASE A1
キーワードHYDROLASE / twisted beta-sandwich
機能・相同性
機能・相同性情報


endochitinase activity / chitinase / chitin catabolic process / chitin binding / polysaccharide catabolic process / carbohydrate binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily ...Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Chitin-binding domain type 3 / Seminal Fluid Protein PDC-109 (Domain B) / Carbohydrate-binding module family 5/12 / Carbohydrate-binding module superfamily 5/12 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) active site signature. / : / Chitinase insertion domain superfamily / Chitinase II / Glyco_18 / Glycosyl hydrolases family 18 (GH18) domain profile. / Glycosyl hydrolases family 18 / Glycoside hydrolase family 18, catalytic domain / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Ribbon / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Bacillus circulans (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ikegami, T. / Okada, T. / Hashimoto, M. / Seino, S. / Watanabe, T. / Shirakawa, M.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000
タイトル: Solution structure of the chitin-binding domain of Bacillus circulans WL-12 chitinase A1.
著者: Ikegami, T. / Okada, T. / Hashimoto, M. / Seino, S. / Watanabe, T. / Shirakawa, M.
履歴
登録2000年1月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年5月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年2月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHITINASE A1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)5,0391
ポリマ－5,0391
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #26closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド CHITINASE A1 / (CHBD-CHIA1)


分子量: 5038.625 Da / 分子数: 1 / 断片: CHITIN-BINDING DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus circulans (バクテリア) / 株: WL-12 / プラスミド: PET3A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20533, chitinase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2122D NOESY
1213D 15N-separated NOESY
131HMQC-J
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using a uniformly 15N-labeled ChBD-ChiA1. Stereospecific assignments of the methyl groups of the leucine and valine residues were achieved with 15% fractionally ...Text: This structure was determined using a uniformly 15N-labeled ChBD-ChiA1. Stereospecific assignments of the methyl groups of the leucine and valine residues were achieved with 15% fractionally 13C-labeled ChBD-ChiA1 dissolved in 99.8% D2O.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12.0 mM 15N-labeled ChBD-ChiA1 in 10 mM KH2PO4-K2HPO4 (pH 6.0) and 10 mM deuterated dithiothreitol (DTT)90% H2O/10% D2O
21.2 mM 15N-labeled ChBD-ChiA1 in 100 mM KH2PO4-K2HPO4 (pH 6.0) and 10 mM deuterated DTT99.8% D2O
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1106ambient 310 K
21006ambient 310 K
結晶化
*PLUS
手法: other / 詳細: NMR

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR3.851Brunger精密化
DYANA1.5Guentert構造決定
NMRPipe1.7Delaglio解析
XwinNMR2Brukercollection
nmrPipp4.2.4Garrettデータ解析
MOLMOL2.3Koradiデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: The structures are based on 493 NOE-based distance, 20 hydrogen bond, and 33 dihedral angle constraints.
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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