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- PDB-1ed3: CRYSTAL STRUCTURE OF RAT MINOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN COMPLEX... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ed3
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF RAT MINOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN COMPLEX RT1-AA/MTF-E.
要素
  • BETA-2-MICROGLOBULIN
  • CLASS I MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN RT1-AA
  • PEPTIDE MTF-E (13N3E)
キーワードIMMUNE SYSTEM / major histocompatibility complex / rat minor histocompatibility complex / MHC / immunology / peptide antigen presentation / cellular immunity / cell surface receptor / T cell receptor ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Mitochondrial protein degradation / Neutrophil degranulation ...Formation of ATP by chemiosmotic coupling / Cristae formation / Endosomal/Vacuolar pathway / DAP12 interactions / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / ER-Phagosome pathway / DAP12 signaling / Mitochondrial protein degradation / Neutrophil degranulation / proton-transporting ATP synthase complex / proton motive force-driven ATP synthesis / proton motive force-driven mitochondrial ATP synthesis / : / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / response to hyperoxia / response to cadmium ion / proton-transporting ATP synthase activity, rotational mechanism / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / protein refolding / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / mitochondrial inner membrane / immune response / response to xenobiotic stimulus / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / structural molecule activity / protein homodimerization activity / extracellular space / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 ...ATP synthase, F0 complex, subunit A, bacterial/mitochondria / ATP synthase, F0 complex, subunit A / ATP synthase, F0 complex, subunit A, active site / ATP synthase, F0 complex, subunit A superfamily / ATP synthase A chain / ATP synthase a subunit signature. / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP synthase subunit a / Beta-2-microglobulin / RT1 class I histocompatibility antigen, AA alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Speir, J.A. / Stevens, J. / Joly, E. / Butcher, G.W. / Wilson, I.A.
引用
ジャーナル: Immunity / 年: 2001
タイトル: Two different, highly exposed, bulged structures for an unusually long peptide bound to rat MHC class I RT1-Aa.
著者: Speir, J.A. / Stevens, J. / Joly, E. / Butcher, G.W. / Wilson, I.A.
#1: ジャーナル: J.Immunol. / 年: 1997
タイトル: Identification of the rat maternally transmitted minor histocompatibility antigen
著者: Bhuyan, P.K. / Young, L.L. / Lindahl, K.F. / Butcher, G.W.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 1998
タイトル: Efficient generation of major histocompatibility complex class I-peptide complexes using synthetic peptide libraries
著者: Stevens, J. / Wiesmuller, K.-H. / Barker, P.J. / Walden, P. / Bucher, G.W. / Joly, E.
#3: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 1998
タイトル: Peptide length preferences for rat and mouse MHC class I molecules using random peptide libraries
著者: Stevens, J. / Wiesmuller, K.-H. / Walden, P. / Joly, E.
#4: ジャーナル: Immunity / 年: 1996
タイトル: The rat cim effect: TAP allele-dependent changes in a class I MHC anchor motif and evidence against C-terminal trimming of peptides in the ER
著者: Powis, S.J. / Young, L.L. / Joly, E. / Barker, P.J. / Richardson, L. / Brandt, R.P. / Melief, C.J. / Howard, J.C. / Butcher, G.W.
#5: ジャーナル: Immunogenetics / 年: 1995
タイトル: An analysis of the antigen binding site of RT1-Aa suggests an allele-specific motif
著者: Thorpe, C.J. / Moss, D.S. / Powis, S.J. / Howard, J.C. / Butcher, G.W. / Travers, P.J.
履歴
登録2000年1月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02001年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.42023年8月9日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CLASS I MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN RT1-AA
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: PEPTIDE MTF-E (13N3E)
D: CLASS I MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN RT1-AA
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: PEPTIDE MTF-E (13N3E)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,4636
ポリマ－90,4636
非ポリマー00
水2,504139
1
A: CLASS I MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN RT1-AA
B: BETA-2-MICROGLOBULIN
C: PEPTIDE MTF-E (13N3E)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2323
ポリマ－45,2323
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4640 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area19100 Å2
手法PISA
2
D: CLASS I MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN RT1-AA
E: BETA-2-MICROGLOBULIN
F: PEPTIDE MTF-E (13N3E)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2323
ポリマ－45,2323
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area19440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.95, 90.72, 117.41
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
22
33
/ NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
詳細There are two heterotrimeric biological assemblies in the asymmetric unit constructed from chains A, B, and C, or chains D, E, and F.

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要素

#1: タンパク質 CLASS I MAJOR HISTOCOMPATIBILITY ANTIGEN RT1-AA


分子量: 32045.551 Da / 分子数: 2 / 断片: EXTRACELLULAR DOMAINS / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PET-22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P16391
#2: タンパク質 BETA-2-MICROGLOBULIN


分子量: 11652.282 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / プラスミド: PET-22B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P07151
#3: タンパク質・ペプチド PEPTIDE MTF-E (13N3E)


分子量: 1533.773 Da / 分子数: 2 / 断片: RESIDUES 29-41 OF RAT ATPASE 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This sequence occurs naturally in rats / 参照: UniProt: P05504
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M morpholine ethansulfonic acid (MES), 0.2M ammonium sulfate, 15-20% MPEG 5000, 0.025M beta-octyl-glucoside, 0.5% glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K
結晶化
*PLUS
温度: 17 ℃ / pH: 7.2
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
115 mg/mlprotein1drop
210 mMHEPES1drop
325 mM1dropNaCl
41 mMEDTA1drop
50.1 MMES1reservoir
60.2 Mammonium sulfate1reservoir
715-20 %mPEG50001reservoir

-
データ収集

回折平均測定温度: 93 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→20 Å / Num. all: 28978 / Num. obs: 28978 / % possible obs: 94.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 38.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / 冗長度: 2.7 % / Rmerge(I) obs: 0.318 / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique all: 2757 / % possible all: 91.2
反射
*PLUS
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 91.2 % / Num. unique obs: 2757

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2CLR

2clr


解像度: 2.55→19.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high rms absF: 10000 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
立体化学のターゲット値: Engh & Huber as implemented in X-PLOR and CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 2177 7.5 %Random
Rwork0.222 ---
all-28993 --
obs-28978 93.9 %-
溶媒の処理Bsol: 33.8132 Å2 / ksol: 0.368077 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 27 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.2 Å20 Å20 Å2
2---6.74 Å20 Å2
3---3.54 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.42 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.47 Å0.39 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6380 0 0 139 6519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg25.3
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.461.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.292
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.462.5
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDNCS model detailsRefine-IDRms dev position (Å)Weight position
11RESTRAINEDX-RAY DIFFRACTION0.04300
22RESTRAINEDX-RAY DIFFRACTION0.044300
33RESTRAINEDX-RAY DIFFRACTION0.039300
LS精密化 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Rfactor Rfree error: 0.026 / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 197 7.5 %
Rwork0.319 2414 -
obs--86.1 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
σ(F): 0 / % reflection Rfree: 7.5 % / Rfactor obs: 0.224
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
Biso mean: 27 Å2
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.5
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.37 / % reflection Rfree: 7.5 % / Rfactor Rwork: 0.319 / Rfactor obs: 0.319

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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