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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ed1 | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF SIMIAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS MATRIX ANTIGEN (SIV MA) AT 100K. | ||||||
![]() | GAG POLYPROTEIN | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Trimeric Association | ||||||
機能・相同性 | ![]() viral process / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...viral process / HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / host cell cytoplasm / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / proteolysis / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / membrane / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Rao, Z. / Belyaev, A. / Fry, E. / Roy, P. / Jones, I.M. / Stuart, D.I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of SIV matrix antigen and implications for virus assembly. 著者: Rao, Z. / Belyaev, A.S. / Fry, E. / Roy, P. / Jones, I.M. / Stuart, D.I. #1: ![]() タイトル: Crystallization and Preliminary X-ray Investigation of Recombinant Simian Immunodeficiency Virus Matrix Antigen 著者: Belyaev, A. / Stuart, D. / Sutton, G. / Roy, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 36.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 24.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly may be represented by the trimeric association of molecules within the crystal. |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14923.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SIV MATRIX ANTIGEN 由来: (組換発現) ![]() 属: Lentivirus / 生物種: Simian immunodeficiency virus / 株: MAC BK28 / 遺伝子: GAG / プラスミド: PULB5002 / 発現宿主: ![]() | ||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.4 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 詳細: PEG 8000, isopropanol, Tris-HCL, pH 8.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.488 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→30 Å / Num. all: 8719 / Num. obs: 8719 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.059 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 43654 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→30 Å / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | |||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2.1 Å / 最低解像度: 30 Å / σ(F): 0 / % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.18 / Rfactor Rwork: 0.18 | |||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS タイプ: x_angle_deg / Dev ideal: 1.4 |