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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ecv | ||||||
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タイトル | CRYSTAL STRUCTURE OF PROTEIN TYROSINE PHOSPHATASE 1B COMPLEXED WITH 5-IODO-2-(OXALYL-AMINO)-BENZOIC ACID | ||||||
要素 | PROTEIN-TYROSINE PHOSPHATASE 1B | ||||||
キーワード | HYDROLASE / PHOSPHORYLATION / LIGAND / INHIBITOR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Down-Regulation / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane ...regulation of hepatocyte growth factor receptor signaling pathway / PTK6 Down-Regulation / positive regulation of receptor catabolic process / insulin receptor recycling / peptidyl-tyrosine dephosphorylation involved in inactivation of protein kinase activity / negative regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of PERK-mediated unfolded protein response / regulation of intracellular protein transport / IRE1-mediated unfolded protein response / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / platelet-derived growth factor receptor-beta signaling pathway / sorting endosome / mitochondrial crista / positive regulation of IRE1-mediated unfolded protein response / regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / regulation of endocytosis / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / positive regulation of protein tyrosine kinase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / Regulation of IFNA/IFNB signaling / regulation of signal transduction / cellular response to unfolded protein / growth hormone receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / negative regulation of signal transduction / Regulation of IFNG signaling / MECP2 regulates neuronal receptors and channels / Growth hormone receptor signaling / endoplasmic reticulum unfolded protein response / positive regulation of JUN kinase activity / negative regulation of MAP kinase activity / negative regulation of insulin receptor signaling pathway / Insulin receptor recycling / ephrin receptor binding / Integrin signaling / protein dephosphorylation / protein-tyrosine-phosphatase / protein phosphatase 2A binding / protein tyrosine phosphatase activity / endosome lumen / insulin receptor binding / Negative regulation of MET activity / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor tyrosine kinase binding / insulin receptor signaling pathway / actin cytoskeleton organization / early endosome / mitochondrial matrix / cadherin binding / protein kinase binding / enzyme binding / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / RNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Andersen, H.S. / Iversen, L.F. / Branner, S. / Rasmussen, H.B. / Moller, N.P.H. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2000 タイトル: 2-(oxalylamino)-benzoic acid is a general, competitive inhibitor of protein-tyrosine phosphatases. 著者: Andersen, H.S. / Iversen, L.F. / Jeppesen, C.B. / Branner, S. / Norris, K. / Rasmussen, H.B. / Moller, K.B. / Moller, N.P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1ecv.cif.gz | 80.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1ecv.ent.gz | 59.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1ecv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1ecv_validation.pdf.gz | 455.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1ecv_full_validation.pdf.gz | 462.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1ecv_validation.xml.gz | 8.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1ecv_validation.cif.gz | 13.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/1ecv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ec/1ecv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 34720.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PET11A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18031, protein-tyrosine-phosphatase | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-878 / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.83 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 8000, Natrium acetate, Hepes, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 294K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年1月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→30 Å / Num. all: 34273 / Num. obs: 34273 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 11.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 0.205 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 99 |
反射 | *PLUS |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99 % |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.95→6 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→6 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→1.98 Å / Total num. of bins used: 20 / % reflection obs: 99 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: X-PLOR / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS % reflection Rfree: 5 % / Rfactor obs: 0.194 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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