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- PDB-1ecl: AMINO TERMINAL 67KDA DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI DNA TOPOISOMERASE... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ecl
タイトルAMINO TERMINAL 67KDA DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI DNA TOPOISOMERASE I (RESIDUES 2-590 OF MATURE PROTEIN) CLONING ARTIFACT ADDS TWO RESIDUES TO THE AMINO-TERMINUS WHICH WERE NOT OBSERVED IN THE EXPERIMENTAL ELECTRON DENSITY (GLY-2, SER-1).
要素ESCHERICHIA COLI TOPOISOMERASE I
キーワードTOPOISOMERASE / BACTERIAL TYPE I / DNA CLEAVAGE / STRAND PASSAGE
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA topoisomerase activity / DNA topoisomerase activity / DNA topoisomerase / DNA topoisomerase type I (single strand cut, ATP-independent) activity / DNA topological change / chromosome / DNA binding / zinc ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
DNA topoisomerase I, zinc ribbon-like, bacterial-type / : / Topoisomerase I zinc-ribbon-like / Topoisomerase I, zinc finger / DNA topoisomerase, type IA, zn finger / Topoisomerase DNA binding C4 zinc finger / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / Topoisomerase I, domain 3 ...DNA topoisomerase I, zinc ribbon-like, bacterial-type / : / Topoisomerase I zinc-ribbon-like / Topoisomerase I, zinc finger / DNA topoisomerase, type IA, zn finger / Topoisomerase DNA binding C4 zinc finger / DNA topoisomerase I, bacterial-type / DNA topoisomerase I, type IA / DNA topoisomerase 1, TOPRIM domain / Topoisomerase I, domain 3 / Topoisomerase I; domain 2 / Topoisomerase I, domain 2 / Rossmann fold - #140 / Topoisomerase I; domain 4 / Topoisomerase I, domain 4 / Topoisomerase I; domain 3 / DNA topoisomerase, type IA / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 2 / DNA topoisomerase, type IA, active site / Topoisomerase (Topo) IA-type active site signature. / Topoisomerase (Topo) IA-type catalytic domain profile. / DNA topoisomerase, type IA, domain 2 / DNA topoisomerase, type IA, DNA-binding domain / DNA topoisomerase, type IA, central / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 1 / DNA topoisomerase, type IA, central region, subdomain 3 / DNA topoisomerase, type IA, core domain / DNA topoisomerase / Bacterial DNA topoisomeraes I ATP-binding domain / Bacterial DNA topoisomerase I DNA-binding domain / TOPRIM / Toprim domain / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Distorted Sandwich / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA topoisomerase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Lima, C.D. / Wang, J.C. / Mondragon, A.
引用
ジャーナル: Nature / 年: 1994
タイトル: Three-dimensional structure of the 67K N-terminal fragment of E. coli DNA topoisomerase I.
著者: Lima, C.D. / Wang, J.C. / Mondragon, A.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1993
タイトル: Crystallization of a 67 kDa Fragment of Escherichia Coli DNA Topoisomerase I
著者: Lima, C.D. / Wang, J.C. / Mondragon, A.
履歴
登録1995年5月5日処理サイト: BNL
改定 1.01995年7月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年4月4日Group: Data collection / Other / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_database_status
Item: _diffrn_source.type / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ESCHERICHIA COLI TOPOISOMERASE I


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)67,3261
ポリマ－67,3261
非ポリマー00
水9,656536
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)63.190, 77.970, 138.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THE ASYMMETRIC UNIT CONTAINS A SINGLE MOLECULE.

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要素

#1: タンパク質 ESCHERICHIA COLI TOPOISOMERASE I / ESCHERICHIA COLI OMEGA PROTEIN


分子量: 67326.305 Da / 分子数: 1
変異: GLY SER INSERTION AT N-TERMINUS, INSERTION OF STOP CODON AT 598; ENGINEERED
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: TOPA / プラスミド: PGEX-2T / 遺伝子 (発現宿主): TOPA / 参照: UniProt: P06612, EC: 5.99.1.2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 536 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細MOLECULE: AMINO-TERMINAL 67KDA DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI TOPOISOMERASE I. STRAND PASSAGE DOMAIN OF ...MOLECULE: AMINO-TERMINAL 67KDA DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI TOPOISOMERASE I. STRAND PASSAGE DOMAIN OF BACTERIAL TYPE I TOPOISOMERASES.
配列の詳細RESIDUE NUMBERING IS FOR THE MATURE PROTEIN.
由来についての詳細MOLECULE_NAME: AMINO-TERMINAL 67KDA DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI TOPOISOMERASE I. ARTIFICIAL STOP ...MOLECULE_NAME: AMINO-TERMINAL 67KDA DOMAIN OF ESCHERICHIA COLI TOPOISOMERASE I. ARTIFICIAL STOP CODON INTRODUCED AT AMINO ACID NUMBER 598 BY PCR TO PRODUCE A 67KDA POLYPEPTIDE FRAGMENT. EXPRESSION SYSTEM GENE EXPRESSED AS A FUSION PROTEIN WITH GLUTATHIONE-S-TRANSFERASE AT ITS AMINO-TERMINUS AND ENDING WITH AN ARTIFICIAL STOP CODON INTRODUCED AT AMINO ACID POSITION 598

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.58 %
解説: INITIAL PHASING WAS OBTAINED BY MULTIPLE ISOMORPHOUS PHASING TECHNIQUES USING A XENTRONICS/SIEMENS DETECTOR MOUNTED ON A RIGAKU RU200 GENERATOR (.1MM FOCUSING CUP). THE X-RAY BEAM WAS FOCUSED ...解説: INITIAL PHASING WAS OBTAINED BY MULTIPLE ISOMORPHOUS PHASING TECHNIQUES USING A XENTRONICS/SIEMENS DETECTOR MOUNTED ON A RIGAKU RU200 GENERATOR (.1MM FOCUSING CUP). THE X-RAY BEAM WAS FOCUSED WITH FRANK'S MIRRORS ON THE CRYSTAL POSITION. THE CRYSTALS USED IN MIR PHASING WERE FROZEN AT 100K FOR DATA COLLECTION. MIR PHASES WERE OBTAINED TO 3.0 ANGSTROMS AND A MODEL WAS SUBSEQUENTLY FIT INTO A SOLVENT FLATTED ELECTRON DENSITY MAP. THIS MODEL WAS TRANSFERRED TO A 2.11 ANGSTROM DATA SET COLLECTED AT 1.08 ANGSTROM WAVELENGTH AT THE STANFORD SYNCHROTRON RADIATION LABORATORY ON AN IP MAR SCANNER. THE MODEL WAS REFINED TO 2.2 ANGSTROMS WITH THIS DATA SET AND REPORTED IN LIMA (1994). THE MODEL WAS SUBSEQUENTLY TRANSFERRED TO A 1.7 ANGSTROM DATA SET COLLECTED AT 0.9144 ANGSTROM WAVELENGTH AT THE CORNELL HIGH ENERGY SYNCHROTRON SOURCE. THE DATA WAS COLLECTED ON THE PRINCETON CCD DETECTOR.
結晶化
*PLUS
温度: 23 ℃ / pH: 8 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Lima, C.D., (1993) J.Mol.Biol., 232, 1213.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
12-10 mg/mlprotein1drop
250 mM1dropKCl
320 mMTris-HCl1drop
41 mMdithiothreitol1drop

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / タイプ: CHESS / 波長: 0.9144 Å
検出器タイプ: PRINCETON 2K / 検出器: CCD / 日付: 1994年10月23日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9144 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 1.7 Å / Num. obs: 56798 / % possible obs: 80 % / Observed criterion σ(I): 4 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.059
反射
*PLUS
最高解像度: 1.604 Å / 最低解像度: 46.127 Å / Rmerge(I) obs: 0.059

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
X-PLOR3.1位相決定
精密化解像度: 1.9→5 Å / σ(F): 2
詳細: INITIAL PHASING WAS OBTAINED BY MULTIPLE ISOMORPHOUS PHASING TECHNIQUES USING A XENTRONICS/SIEMENS DETECTOR MOUNTED ON A RIGAKU RU200 GENERATOR (.1MM FOCUSING CUP). THE X-RAY BEAM WAS FOCUSED ...詳細: INITIAL PHASING WAS OBTAINED BY MULTIPLE ISOMORPHOUS PHASING TECHNIQUES USING A XENTRONICS/SIEMENS DETECTOR MOUNTED ON A RIGAKU RU200 GENERATOR (.1MM FOCUSING CUP). THE X-RAY BEAM WAS FOCUSED WITH FRANK'S MIRRORS ON THE CRYSTAL POSITION. THE CRYSTALS USED IN MIR PHASING WERE FROZEN AT 100K FOR DATA COLLECTION. MIR PHASES WERE OBTAINED TO 3.0 ANGSTROMS AND A MODEL WAS SUBSEQUENTLY FIT INTO A SOLVENT FLATTED ELECTRON DENSITY MAP. THIS MODEL WAS TRANSFERRED TO A 2.11 ANGSTROM DATA SET COLLECTED AT 1.08 ANGSTROM WAVELENGTH AT THE STANFORD SYNCHROTRON RADIATION LABORATORY ON AN IP MAR SCANNER. THE MODEL WAS REFINED TO 2.2 ANGSTROMS WITH THIS DATA SET AND REPORTED IN LIMA (1994). THE MODEL WAS SUBSEQUENTLY TRANSFERRED TO A 1.7 ANGSTROM DATA SET COLLECTED AT 0.9144 ANGSTROM WAVELENGTH AT THE CORNELL HIGH ENERGY SYNCHROTRON SOURCE. THE DATA WAS COLLECTED ON THE PRINCETON CCD DETECTOR. THE MODEL WAS REFINED TO 1.9 ANGSTROM WITH THIS DATA. THE COORDINATES THAT FOLLOW REPRESENT THIS REFINEMENT. A TOTAL OF 24 SIMULATED ANNEALING OMIT MAPS WERE GENERATED TO COVER THE ENTIRE STRUCTURE AT 1.9 ANGSTROM RESOLUTION. ALL THE RESIDUES INCLUDED IN THE MODEL WERE PRESENT IN THESE SIMULATED ANNEALING OMIT MAPS. RESIDUE ILE 34 IS THE ONLY OUTLIER WITH REGARDS TO A RAMACHANDRAN PLOT. IT WAS REMOVED DURING REFINEMENT AND ONLY REINSERTED AND REFINED AFTER DENSITY WAS OBSERVED FOR THE SIDE CHAIN ATOMS IN A SIMULATED ANNEALING OMIT MAP FOR THAT REGION.
Rfactor反射数%反射
Rwork0.218 --
obs0.218 43060 83.4 %
原子変位パラメータBiso mean: 30.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4404 0 0 536 4940
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.017
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.868
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d23.47
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.896
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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