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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ecf | ||||||
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タイトル | ESCHERICHIA COLI GLUTAMINE PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHATE (PRPP) AMIDOTRANSFERASE | ||||||
![]() | GLUTAMINE PHOSPHORIBOSYLPYROPHOSPHATE AMIDOTRANSFERASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE (GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE) / PURINE BIOSYNTHESIS / TRANSFERASE / GLYCOSYLTRANSFERASE / GLUTAMINE AMIDOTRANSFERASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() amidophosphoribosyltransferase / amidophosphoribosyltransferase activity / purine nucleobase biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / glutamine metabolic process / glycosyltransferase activity / magnesium ion binding / identical protein binding ...amidophosphoribosyltransferase / amidophosphoribosyltransferase activity / purine nucleobase biosynthetic process / purine nucleotide biosynthetic process / 'de novo' IMP biosynthetic process / guanosine tetraphosphate binding / glutamine metabolic process / glycosyltransferase activity / magnesium ion binding / identical protein binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Krahn, J.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of glutamine phosphoribosylpyrophosphate amidotransferase from Escherichia coli. 著者: Muchmore, C.R. / Krahn, J.M. / Kim, J.H. / Zalkin, H. / Smith, J.L. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 229.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 186.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 602.8 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 603.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 22.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 39.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.0809, -0.0094, 0.9967), ベクター: 詳細 | PHE B 88 - SER B 92 EXISTS IN TWO DISTINCT CONFORMATIONS AS A RESULT OF THE BINDING OF PIPES BUFFER ALONG THE CRYSTALLOGRAPHIC MOLECULAR TWO-FOLD AXIS, AND IS THEREFORE POORLY DEFINED. APPLICATION OF THE CRYSTALLOGRAPHIC SYMMETRY OPERATOR TO THE SECOND SET OF RESIDUES WILL GENERATE A COMPLETE ASYMMETRIC MODEL OF THIS SITE. | |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56422.684 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P00496, UniProt: P0AG16*PLUS, amidophosphoribosyltransferase #2: 化合物 | ChemComp-PIN / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | GLU A 303 AND GLU B 303 ARE CIS-GLUTAMINE - PART OF A PHOSPHATE BINDING SITE INVOLVED IN BINDING ...GLU A 303 AND GLU B 303 ARE CIS-GLUTAMINE - PART OF A PHOSPHATE BINDING SITE INVOLVED IN BINDING BOTH SUBSTRATE AND INHIBITORS | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % 解説: ORIGINAL MOLECULAR REPLACEMENT SOLUTION WAS OBTAINED IN A DIFFERENT CRYSTAL FORM. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 5.6 / 詳細: pH 5.6 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / pH: 6.5 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年3月18日 |
放射 | モノクロメーター: MSC DOUBLE MIRROR / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. obs: 65480 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.041 / Net I/σ(I): 24.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.03 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.225 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 92.7 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 268969 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 92.7 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1GPH 解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 詳細: TYR 94 IN EACH CHAIN HAS PHI/PSI VALUES THAT ARE NORMALLY DISALLOWED. IT FORMS A SHARP BETA-TURN WITH PRO 93, A CIS-PROLINE. THE DISTANCE BETWEEN X982 AND X230 IS ARTIFICIALLY SHORT DUE TO ...詳細: TYR 94 IN EACH CHAIN HAS PHI/PSI VALUES THAT ARE NORMALLY DISALLOWED. IT FORMS A SHARP BETA-TURN WITH PRO 93, A CIS-PROLINE. THE DISTANCE BETWEEN X982 AND X230 IS ARTIFICIALLY SHORT DUE TO UNMODELLED HETEROGENEITY AT A SPECIAL POSITION NEAR X230. ADDITIONAL UNMODELED ELECTRON DENSITY IS PRESENT NEAR THE CYS 1 SULFUR. IT APPEARS TO REPRESENT A HETEROGENEOUS OXIDATION BY OXYGEN AND SULFUR COMPOUNDS.
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原子変位パラメータ | Biso mean: 24.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 65453 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 28.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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