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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ec9 | ||||||
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タイトル | E. COLI GLUCARATE DEHYDRATASE BOUND TO XYLAROHYDROXAMATE | ||||||
![]() | GLUCARATE DEHYDRATASE | ||||||
![]() | LYASE / Glucarate Dehydratase Enolase Enzyme Superfamily TIM Barrel (beta/alpha)7beta barrel | ||||||
機能・相同性 | ![]() glucarate dehydratase activity / D-glucarate catabolic process / glucarate dehydratase / magnesium ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Gulick, A.M. / Hubbard, B.K. / Gerlt, J.A. / Rayment, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Evolution of enzymatic activities in the enolase superfamily: crystallographic and mutagenesis studies of the reaction catalyzed by D-glucarate dehydratase from Escherichia coli. 著者: Gulick, A.M. / Hubbard, B.K. / Gerlt, J.A. / Rayment, I. #1: ![]() タイトル: Evolution of Enzymative Activities in the Enolase Superfamily: Crystal Structure of (D)-glucarate Dehydratase from Pseudomonas putida 著者: Gulick, A.M. / Palmer, D.R. / Babbitt, P.C. / Gerlt, J.A. / Rayment, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 371.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 298.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 475.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 536.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 80.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 113.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 49196.855 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P76637, UniProt: P0AES2*PLUS, glucarate dehydratase #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | ChemComp-XYH / #4: 化合物 | ChemComp-IPA / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.03 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8 詳細: 1:1 mixture of protein and 14 % PEG5000 Monomethylether 75 mM MgCl2 5 % isopropanol 50 mM Hepps , pH 8.0, Microbatch, temperature 4.0K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶 | *PLUS 溶媒含有率: 53 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: batch method / 詳細: used microseeding | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: OTHER / 検出器: CCD / 日付: 1998年7月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.1201 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 516114 / Num. obs: 515842 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 13.4 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.189 / Num. unique all: 12784 / % possible all: 93.5 |
反射 | *PLUS Num. obs: 133202 / Num. measured all: 516114 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 93.5 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2→30 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→30 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: TNT / バージョン: 5E / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS 最高解像度: 2 Å / σ(F): 0 / Rfactor all: 0.179 | ||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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