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- PDB-1ec6: CRYSTAL STRUCTURE OF NOVA-2 KH3 K-HOMOLOGY RNA-BINDING DOMAIN BOU... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ec6
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF NOVA-2 KH3 K-HOMOLOGY RNA-BINDING DOMAIN BOUND TO 20-MER RNA HAIRPIN
要素
  • 20-MER RNA HAIRPIN
  • RNA-BINDING PROTEIN NOVA-2
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / KH domain / alpha-beta fold / RNA-binding motif / protein/RNA structure / RNA BINDING PROTEIN-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of axon guidance / regulation of RNA metabolic process / sequence-specific mRNA binding / negative regulation of cold-induced thermogenesis / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / central nervous system neuron development / mRNA splicing, via spliceosome / neuron differentiation / mRNA binding / RNA binding ...regulation of axon guidance / regulation of RNA metabolic process / sequence-specific mRNA binding / negative regulation of cold-induced thermogenesis / regulation of alternative mRNA splicing, via spliceosome / central nervous system neuron development / mRNA splicing, via spliceosome / neuron differentiation / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / : / : / K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain ...: / : / : / K Homology domain, type 1 / KH domain / K Homology domain, type 1 / Ribosomal Protein S8; Chain: A, domain 1 / Type-1 KH domain profile. / K Homology domain, type 1 superfamily / K Homology domain / K homology RNA-binding domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA-binding protein Nova-2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Lewis, H.A. / Musunuru, K. / Jensen, K.B. / Edo, C. / Chen, H.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2000
タイトル: Sequence-specific RNA binding by a Nova KH domain: implications for paraneoplastic disease and the fragile X syndrome.
著者: Lewis, H.A. / Musunuru, K. / Jensen, K.B. / Edo, C. / Chen, H. / Darnell, R.B. / Burley, S.K.
履歴
登録2000年1月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02000年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月27日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年2月7日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: 20-MER RNA HAIRPIN
D: 20-MER RNA HAIRPIN
A: RNA-BINDING PROTEIN NOVA-2
B: RNA-BINDING PROTEIN NOVA-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,5594
ポリマ－31,5594
非ポリマー00
水3,063170
1
D: 20-MER RNA HAIRPIN
A: RNA-BINDING PROTEIN NOVA-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7802
ポリマ－15,7802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: 20-MER RNA HAIRPIN
B: RNA-BINDING PROTEIN NOVA-2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,7802
ポリマ－15,7802
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.850, 51.210, 128.600
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MP212121

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要素

#1: RNA鎖 20-MER RNA HAIRPIN


分子量: 6341.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Product of SELEX protein binding study
#2: タンパク質 RNA-BINDING PROTEIN NOVA-2 / ASTROCYTIC NOVA-LIKE RNA-BINDING PROTEIN


分子量: 9437.835 Da / 分子数: 2 / Fragment: KH3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UNW9
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 170 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.71 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: 25% PEG 5000, 150 mM ammonium sulfate, 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293.0K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1MES11
2(NH4)2SO411
3PEG 500011
4(NH4)2SO412
5PEG 500012
結晶化
*PLUS
温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: protein:RNA 1:1.25 ratio
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID詳細
125 %PEG5000 MME1reservoir
2150 mMammonium sulfate1reservoir
3100 mMMES1reservoirpH6.5
40.155 mMprotein1drop
51

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: A1 / 波長: 0.935
検出器タイプ: OTHER / 検出器: CCD / 日付: 1998年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→20 Å / Num. all: 12459 / Num. obs: 12004 / % possible obs: 96.5 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 46.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Net I/σ(I): 16.9
反射 シェル最高解像度: 2.4 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.215 / % possible all: 93.7
反射
*PLUS
Num. obs: 67678 / % possible obs: 98 % / Num. measured all: 143241
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 93.7 % / Rmerge(I) obs: 0.211

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS精密化
DENZOデータ削減
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.4→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(I): 3 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.291 1245 10 %random
Rwork0.208 ---
all0.224 ---
obs0.215 12459 --
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1286 838 0 170 2294
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.48
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0091
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / 分類: refinement
精密化
*PLUS
最低解像度: 20 Å / % reflection Rfree: 10 % / Rfactor obs: 0.208 / Num. reflection obs: 67678
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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