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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ebk | ||||||
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タイトル | Structural and kinetic analysis of drug resistant mutants of HIV-1 protease | ||||||
![]() | HIV-1 PROTEASE | ||||||
![]() | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HIV-1 PROTEASE / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR COMPLEX | ||||||
機能・相同性 | ![]() HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Mahalingam, B. / Louis, J.M. / Reed, C.C. / Adomat, J.M. / Krouse, J. / Wang, Y.F. / Harrison, R.W. / Weber, I.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and kinetic analysis of drug resistant mutants of HIV-1 protease. 著者: Mahalingam, B. / Louis, J.M. / Reed, C.C. / Adomat, J.M. / Krouse, J. / Wang, Y.F. / Harrison, R.W. / Weber, I.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 70.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 528.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 549 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 19.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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詳細 | The biological assembly is a dimer consisting of chains C and D or chains E and F |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10711.611 Da / 分子数: 4 / 断片: FRAGMENT 69-167 / 変異: Q7K, R8Q, L33I, L63I, C67A, C95A / 由来タイプ: 組換発現 詳細: ENGINEERED MUTATIONS Q7K, R8Q, L33I, L63I, C67A, C95A STABILIZE THE PROTEASE FROM AUTOPROTEOLYSIS, WHILE RETAINING ACTIVITY SIMILAR TO WILD-TYPE HIV-1 PROTEASE 由来: (組換発現) ![]() ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 非ポリマーの詳細 | PEPTIDE INHIBITOR 0Q4 HAS A REDUCED PEPTIDE (-CH2-NH) INSTEAD OF THE NORMAL PEPTIDE LINK (-CO-NH). | 配列の詳細 | ENGINEERED MUTATIONS Q7K, R8Q, L33I, L63I, C67A, C95A STABILIZE THE PROTEASE FROM AUTOPROTEOLYSIS, ...ENGINEERED | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.58 % | ||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: CITRATE/PHOSPHATE BUFFER 0.05M, DTT 10MM, DMSO 10%, SATURATED AMMONIUM SULPHATE (25-50%), PROTEIN 2-5 MG/ML, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K | ||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 手法: 蒸気拡散法 / PH range low: 5.2 / PH range high: 4.7 | ||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | Num. obs: 19007 / % possible obs: 79.2 % / Rmerge(I) obs: 0.084 |
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解析
ソフトウェア | 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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精密化 | 解像度: 2.06→8 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber /
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.06→8 Å
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS Biso mean: 16.55 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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