+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1eb7 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of the di-haem cytochrome c peroxidase from Pseudomonas aeruginosa | ||||||
![]() | CYTOCHROME C551 PEROXIDASE | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / PEROXIDASE / HEME / ELECTRON TRANSPORT | ||||||
機能・相同性 | ![]() cytochrome-c peroxidase / cytochrome-c peroxidase activity / periplasmic space / electron transfer activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fulop, V. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of the Di-Haemcytochrome C Peroxidase from Pseudomonas Aeruginosa 著者: Fulop, V. / Ridout, C.J. / Greenwood, C. / Hajdu, J. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 58.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 529.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 533.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 35075.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-CA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % |
---|---|
結晶化 | pH: 7.5 詳細: SEE REFERENCE FULOP ET AL. J.MOL.BIOL. 232, 1208-1210 (1993), pH 7.50 |
結晶化 | *PLUS 手法: other / 詳細: Fulop, V., (1993) J. Mol. Biol., 232, 1208. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 293 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1993年2月15日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→25 Å / Num. obs: 20541 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Biso Wilson estimate: 40.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 18.5 |
反射 | *PLUS % possible obs: 96 % / Num. measured all: 80795 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: RESIDUES 223-228 WERE DISORDERED AND NOT INCLUDED IN THE MODEL
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 49.7 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati sigma a obs: 0.39 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.4→25 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor Rfree: 0.22 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
|