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- PDB-1eay: CHEY-BINDING (P2) DOMAIN OF CHEA IN COMPLEX WITH CHEY FROM ESCHER... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1eay
タイトルCHEY-BINDING (P2) DOMAIN OF CHEA IN COMPLEX WITH CHEY FROM ESCHERICHIA COLI
要素
  • CHEA
  • CHEY
キーワードSIGNAL TRANSDUCTION COMPLEX / KINASE / RESPONSE REGULATOR / CHEMOTAXIS
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of protein modification process / methyl accepting chemotaxis protein complex / positive regulation of post-translational protein modification / bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / protein histidine kinase activity / internal peptidyl-lysine acetylation ...negative regulation of protein modification process / methyl accepting chemotaxis protein complex / positive regulation of post-translational protein modification / bacterial-type flagellum basal body, C ring / bacterial-type flagellum rotor complex / bacterial-type flagellum-dependent swimming motility / regulation of bacterial-type flagellum-dependent cell motility / aerotaxis / protein histidine kinase activity / internal peptidyl-lysine acetylation / thermotaxis / regulation of chemotaxis / bacterial-type flagellum / phosphorelay response regulator activity / protein acetylation / acetyltransferase activity / phosphorelay sensor kinase activity / histidine kinase / phosphorelay signal transduction system / establishment of localization in cell / chemotaxis / magnesium ion binding / signal transduction / ATP binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CheY-binding domain of CheA / CheY binding / CheY binding / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / : / CheW-like domain profile. ...CheY-binding domain of CheA / CheY binding / CheY binding / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain / CheY-binding domain of CheA / Histidine kinase CheA-like, homodimeric domain superfamily / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / Signal transducing histidine kinase, homodimeric domain / : / CheW-like domain profile. / CheW-like domain / CheW-like domain superfamily / CheW-like domain / Two component signalling adaptor domain / Histidine Phosphotransfer domain / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / HPT domain superfamily / : / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chemotaxis protein CheY / Chemotaxis protein CheA / Chemotaxis protein CheY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換, 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Mcevoy, M.M. / Hausrath, A.C. / Randolph, G.B. / Remington, S.J. / Dahlquist, F.W.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 1998
タイトル: Two binding modes reveal flexibility in kinase/response regulator interactions in the bacterial chemotaxis pathway.
著者: McEvoy, M.M. / Hausrath, A.C. / Randolph, G.B. / Remington, S.J. / Dahlquist, F.W.
履歴
登録1998年4月23日処理サイト: BNL
改定 1.01998年7月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CHEY
B: CHEY
C: CHEA
D: CHEA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,9984
ポリマ－43,9984
非ポリマー00
水2,234124
1
A: CHEY
C: CHEA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9992
ポリマ－21,9992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CHEY
D: CHEA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9992
ポリマ－21,9992
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)54.500, 64.200, 158.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 CHEY


分子量: 13981.136 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PAR/CHEY / 株: K38 / 参照: UniProt: P06143, UniProt: P0AE67*PLUS
#2: タンパク質 CHEA


分子量: 8018.084 Da / 分子数: 2 / Fragment: CHEY-BINDING (P2) DOMAIN / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Escherichia coli (大腸菌) / 細胞内の位置: CYTOPLASM / プラスミド: PP2S / 株: K38
参照: UniProt: P07363, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 含窒素基に移すもの
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 124 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化pH: 7
詳細: PROTEIN WAS CRYSTALLIZED FROM .63 M NAH2PO4/1.17 M K2HPO4, 10 MM NH4CL, PH 7.0
結晶
*PLUS
結晶化
*PLUS
手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
13.8 mg/mlCheY1drop
22.3 mg/mlP21drop
30.32 Msodium phosphate1drop
40.59 Mpotassium phosphate1drop
55 mM1dropNH4Cl
60.63 Msodium phosphate1reservoir
71.17 Mpotassium phosphate1reservoir
810 mM1reservoirNH4Cl

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データ収集

回折平均測定温度: 287 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-1 / 波長: 0.98
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1997年4月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射最高解像度: 2 Å / Num. obs: 30701 / % possible obs: 78 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.055
反射
*PLUS
Num. measured all: 146840

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
タンパク質モデル構築
SIGMAAモデル構築
RSSモデル構築
TNT5-F精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
タンパク質位相決定
SIGMAA位相決定
RSS位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換, 分子置換
開始モデル: PDB ENTRIES 3CHY AND 1FWP

3chy

1fwp


解像度: 2→20 Å / Isotropic thermal model: TNT BCORREL V1.0 / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: TNT PROTGEO V1.0
Rfactor反射数%反射
Rwork0.217 --
all-30701 -
obs-30701 78 %
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET SCALING / Bsol: 150 Å2 / ksol: 0.7 e/Å3
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2934 0 0 124 3058
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Weight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.02229661
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2.89140042.5
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d19.1418200
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct0
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.009822
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0174236
X-RAY DIFFRACTIONt_it4.55329491.5
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.02710310
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / バージョン: 5-F / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor all: 0.217
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg19.140
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.0092
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0176

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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