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- PDB-1ea3: Influenza virus M1 protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1ea3
タイトルInfluenza virus M1 protein
要素MATRIX PROTEIN M1
キーワードINFLUENZA VIRUS / MATRIX PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery ...Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Viral mRNA Translation / viral budding from plasma membrane / structural constituent of virion / host cell nucleus / virion membrane / RNA binding / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) ...Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix protein M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza Virus Matrix Protein; Chain A, domain 1 / Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Up-down Bundle / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Arzt, S.
引用ジャーナル: Virology / 年: 2001
タイトル: Combined Results from Solution Studies on Intact Influenza Virus M1 Protein and from a New Crystal Form of its N-Terminal Domain Show that M1 is an Elongated Monomeric
著者: Arzt, S. / Baudin, F. / Barge, A. / Timmins, P. / Burmeister, W.P. / Ruigrok, R.W.
履歴
登録2000年11月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02001年4月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 2.02018年10月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / entity_src_gen / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name / _entity_src_gen.pdbx_host_org_strain
改定 2.12023年12月13日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MATRIX PROTEIN M1
B: MATRIX PROTEIN M1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4162
ポリマ－36,4162
非ポリマー00
水1,45981
1
A: MATRIX PROTEIN M1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2081
ポリマ－18,2081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: MATRIX PROTEIN M1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2081
ポリマ－18,2081
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)36.860, 44.147, 47.692
Angle α, β, γ (deg.)77.10, 67.83, 77.60
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (1, -0.0065, -0.0009), (0.0064, 0.998, -0.0623), (0.0013, 0.0623, 0.9981)
ベクター: 4.4392, -16.7038, 20.2821)

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要素

#1: タンパク質 MATRIX PROTEIN M1


分子量: 18208.088 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 1-164 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL DOMAIN RESIDUE 1-164
由来: (組換発現) INFLUENZA A VIRUS (A型インフルエンザウイルス)
株: A/PR/8/34 / プラスミド: PET16B / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03485
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 81 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.84 %
結晶化pH: 7
詳細: 0.1M HEPES PH7.5, 5% V/V ISOPROPANOL,6-10% PEG4000, pH 7.00
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: drop contains protein and reservoir solution in a 1:1 ratio
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
114 mg/mlprotein1drop
210 mMTris-HCl1drop
3100 mM1dropNaCl
410 mMmercaptoethanol1drop
50.1 MHEPES1reservoir
65 %(v/v)isopropanol1reservoir
76-10 %PEG40001reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 90 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月15日 / 詳細: MULTILAYER
放射モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→33.15 Å / Num. obs: 11585 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 5.3
反射 シェル解像度: 2.3→2.39 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.212 / % possible all: 97.1
反射
*PLUS
Rmerge(I) obs: 0.067
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 97.1 % / Rmerge(I) obs: 0.212

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
EPMR位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AA7

1aa7


解像度: 2.3→14.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: THE OCCUPANCIES OF RESIDUES 72 - 75 IN CHAIN A AND 72 - 74 IN CHAIN B HAVE BEEN SET TO 0.0 BECAUSE OF THE LACK OF ELECTRON DENSITY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.313 1121 9.9 %RANDOM
Rwork0.242 ---
obs0.242 11376 95.7 %-
原子変位パラメータBiso mean: 42.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--5.27 Å21.49 Å2-3.08 Å2
2--5.67 Å2-1.94 Å2
3----0.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.45 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.29 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→14.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2420 0 0 81 2501
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d17.9
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.87
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 177 9.6 %
Rwork0.303 1667 -
obs--92.7 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.TOP
ソフトウェア
*PLUS
名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_deg17.9
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_deg0.87

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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