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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1ea3 | |||||||||
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タイトル | Influenza virus M1 protein | |||||||||
![]() | MATRIX PROTEIN M1 | |||||||||
![]() | INFLUENZA VIRUS / MATRIX PROTEIN | |||||||||
機能・相同性 | ![]() Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery ...Assembly of Viral Components at the Budding Site / Influenza Infection / Fusion of the Influenza Virion to the Host Cell Endosome / Release / Budding / Packaging of Eight RNA Segments / Uncoating of the Influenza Virion / Entry of Influenza Virion into Host Cell via Endocytosis / Viral RNP Complexes in the Host Cell Nucleus / NEP/NS2 Interacts with the Cellular Export Machinery / Viral mRNA Translation / viral budding from plasma membrane / structural constituent of virion / host cell nucleus / virion membrane / RNA binding / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Arzt, S. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Combined Results from Solution Studies on Intact Influenza Virus M1 Protein and from a New Crystal Form of its N-Terminal Domain Show that M1 is an Elongated Monomeric 著者: Arzt, S. / Baudin, F. / Barge, A. / Timmins, P. / Burmeister, W.P. / Ruigrok, R.W. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 54.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 263.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 450 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 20.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 1aa7S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (1, -0.0065, -0.0009), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18208.088 Da / 分子数: 2 / 断片: N-TERMINAL DOMAIN RESIDUES 1-164 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: N-TERMINAL DOMAIN RESIDUE 1-164 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: A/PR/8/34 / プラスミド: PET16B / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.84 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 7 詳細: 0.1M HEPES PH7.5, 5% V/V ISOPROPANOL,6-10% PEG4000, pH 7.00 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: drop contains protein and reservoir solution in a 1:1 ratio | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 90 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2000年7月15日 / 詳細: MULTILAYER |
放射 | モノクロメーター: DIAMOND(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.934 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.3→33.15 Å / Num. obs: 11585 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 27.1 Å2 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.3→2.39 Å / 冗長度: 3.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Rsym value: 0.212 / % possible all: 97.1 |
反射 | *PLUS Rmerge(I) obs: 0.067 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.1 % / Rmerge(I) obs: 0.212 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1AA7 解像度: 2.3→14.98 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 詳細: THE OCCUPANCIES OF RESIDUES 72 - 75 IN CHAIN A AND 72 - 74 IN CHAIN B HAVE BEEN SET TO 0.0 BECAUSE OF THE LACK OF ELECTRON DENSITY
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原子変位パラメータ | Biso mean: 42.3 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→14.98 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.031 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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