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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e9d | ||||||
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タイトル | Mutant human thymidylate kinase (F105Y) complexed with AZTMP and ADP | ||||||
![]() | THYMIDYLATE KINASE | ||||||
![]() | TRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASE / THYMIDYLATE KINASE / P-LOOP | ||||||
機能・相同性 | ![]() thymidine biosynthetic process / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / myoblast differentiation / nucleoside diphosphate kinase activity / dTTP biosynthetic process / response to cadmium ion ...thymidine biosynthetic process / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / myoblast differentiation / nucleoside diphosphate kinase activity / dTTP biosynthetic process / response to cadmium ion / cellular response to growth factor stimulus / response to estrogen / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Ostermann, N. / Lavie, A. / Padiyar, S. / Brundiers, R. / Veit, T. / Reintein, J. / Goody, R.S. / Konrad, M. / Schlichting, I. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Potentiating Azt Activation: Structures of Wildtype and Mutant Human Thymidylate Kinase Suggest Reasons for the Mutants' Improved Kinetics with the HIV Prodrug Metabolite Aztmp 著者: Ostermann, N. / Lavie, A. / Padiyar, S. / Brundiers, R. / Veit, T. / Reintein, J. / Goody, R.S. / Konrad, M. / Schlichting, I. #1: ![]() タイトル: Insights Into the Phosphoryltransfer Mechanism of Human Thymidylate Kinase Gained from Crystal Structures of Enzyme Complexes Along the Reaction Coordinate. 著者: Ostermann, N. / Schlichting, I. / Brundiers, R. / Konrad, M. / Reinstein, J. / Veit, T. / Goody, R.S. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 45.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24140.662 Da / 分子数: 1 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ATM / | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | SAMPLE COMTAINS SER183, ILE184, ASP190, AND A ILE191 (CONFIRMED BY THE DNA SEQUENCE AND ELECTRON ...SAMPLE COMTAINS SER183, ILE184, ASP190, AND A ILE191 (CONFIRMED BY THE DNA SEQUENCE AND ELECTRON DENSITY OF SIDE-CHAINS). POSSIBLE ERROR IN SWISSPROT ENTRY. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.65 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: VAPOR DIFFUSION AT 293 K MIXING 2 MICROLITERS OF A SOLUTION CONTAINING THE ENZYME, NUCLEOTIDES, AND 50 MM MGCL2 WITH 2 MICROLITERS OF A SOLUTION CONTAINING 21% PEG 3350, 100 MM TRIS HCL PH 8. ...詳細: VAPOR DIFFUSION AT 293 K MIXING 2 MICROLITERS OF A SOLUTION CONTAINING THE ENZYME, NUCLEOTIDES, AND 50 MM MGCL2 WITH 2 MICROLITERS OF A SOLUTION CONTAINING 21% PEG 3350, 100 MM TRIS HCL PH 8.0 AND 50 MICROLITERS OF DEAD SEA WATER. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ostermann, N., (2000) Structure (London), 8, 629. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
放射 | モノクロメーター: YES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→70 Å / Num. obs: 28322 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.2 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 20.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.8 Å / 冗長度: 2.7 % / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / Rsym value: 0.293 / % possible all: 97.7 |
反射 | *PLUS 最低解像度: 70 Å / Num. measured all: 118834 / Rmerge(I) obs: 0.063 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 97.7 % / Rmerge(I) obs: 0.293 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→70 Å
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拘束条件 |
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精密化 | *PLUS 最低解像度: 70 Å / Rfactor obs: 0.202 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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