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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1.0E+98 | ||||||
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タイトル | Wild type human thymidylate kinase complexed with AZTMP and ADP | ||||||
要素 | THYMIDYLATE KINASE | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / PHOSPHOTRANSFERASE / P-LOOP | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 thymidine biosynthetic process / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / myoblast differentiation / nucleoside diphosphate kinase activity / dTTP biosynthetic process / response to cadmium ion ...thymidine biosynthetic process / dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / myoblast differentiation / nucleoside diphosphate kinase activity / dTTP biosynthetic process / response to cadmium ion / cellular response to growth factor stimulus / response to estrogen / mitochondrial matrix / mitochondrion / ATP binding / nucleus / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Ostermann, N. / Lavie, A. / Padiyar, S. / Brundiers, R. / Veit, T. / Reintein, J. / Goody, R.S. / Konrad, M. / Schlichting, I. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2000 タイトル: Potentiating Azt Activation: Structures of Wildtype and Mutant Human Thymidylate Kinase Suggest Reasons for the Mutants' Improved Kinetics with the HIV Prodrug Metabolite Aztmp 著者: Ostermann, N. / Lavie, A. / Padiyar, S. / Brundiers, R. / Veit, T. / Reintein, J. / Goody, R.S. / Konrad, M. / Schlichting, I. #1: ジャーナル: Structure / 年: 2000 タイトル: Insights Into the Phosphoryl Transfer Mechanism of Human Thymidylate Kinase Gained by Crystal Structures of Enzyme Complexes Along the Reaction Coordinate 著者: Ostermann, N. / Schlichting, I. / Brundiers, R. / Konrad, M. / Reinstein, J. / Veit, T. / Goody, R.S. / Lavie, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e98.cif.gz | 63.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e98.ent.gz | 44.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e98.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1e98_validation.pdf.gz | 527.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1e98_full_validation.pdf.gz | 533.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1e98_validation.xml.gz | 7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1e98_validation.cif.gz | 10.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/1e98 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e9/1e98 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 24222.789 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P23919, dTMP kinase | ||||||
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#2: 化合物 | ChemComp-ADP / | ||||||
#3: 化合物 | ChemComp-ATM / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | CHAIN A - (GLY SER HIS) INSERTED AT THE N-TERMINUS CONVERSION OF DTMP TO DTDP ATP + THYMIDINE 5'- ...CHAIN A - (GLY SER HIS) INSERTED AT THE N-TERMINUS CONVERSION | 配列の詳細 | SAMPLE CONTAINS SER183, ILE184, ASP190, AND A ILE191 (CONFIRMED BY THE DNA SEQUENCE AND ELECTRON ...SAMPLE CONTAINS SER183, ILE184, ASP190, AND A ILE191 (CONFIRMED BY THE DNA SEQUENCE AND ELECTRON DENSITY OF SIDE-CHAINS). POSSIBLE ERROR IN SWISSPROT ENTRY. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.27 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: VAPOR DIFFUSION AT 293 K MIXING 2 MICROLITERS OF A SOLUTION CONTAINING THE ENZYME, NUCLEOTIDES, AND 50 MM MGCL2 WITH 2 MICROLITERS OF A SOLUTION CONTAINING 21% PEG 3350, 100 MM TRIS HCL PH 8. ...詳細: VAPOR DIFFUSION AT 293 K MIXING 2 MICROLITERS OF A SOLUTION CONTAINING THE ENZYME, NUCLEOTIDES, AND 50 MM MGCL2 WITH 2 MICROLITERS OF A SOLUTION CONTAINING 21% PEG 3350, 100 MM TRIS HCL PH 8.0 AND 50 MICROLITERS OF DEAD SEA WATER. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 20 ℃ / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Ostermann, N., (2000) Structure (London), 8, 629. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / 波長: 1.54 |
検出器 | タイプ: SIEMENS MULTIWIRE / 検出器: AREA DETECTOR |
放射 | モノクロメーター: YES / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 20180 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 2.84 % / Rsym value: 0.08 / Net I/σ(I): 11.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 1.93 % / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Rsym value: 0.276 / % possible all: 94.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 57280 / Rmerge(I) obs: 0.08 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 94.2 % / Rmerge(I) obs: 0.276 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.9→50 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→50 Å
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拘束条件 |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: REFMAC / 分類: refinement | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Rfactor obs: 0.191 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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