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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1e8i | ||||||
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タイトル | HUMAN CD69 - TETRAGONAL FORM | ||||||
要素 | EARLY ACTIVATION ANTIGEN CD69 | ||||||
キーワード | HEMATOPOIETIC CELL RECEPTOR / LEUCOCYTE / C-TYPE LECTIN-LIKE / NKD / KLR | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transmembrane signaling receptor activity / cellular response to xenobiotic stimulus / carbohydrate binding / external side of plasma membrane / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | HOMO SAPIENS (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å | ||||||
データ登録者 | Tormo, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001 タイトル: Crystal Structure of the C-Type Lectin-Like Domain from the Human Hematopoietic Cell Receptor Cd69 著者: Llera, A.S. / Viedma, F. / Sanchez-Madrid, F. / Tormo, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1e8i.cif.gz | 60.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1e8i.ent.gz | 44.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1e8i.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1e8i_validation.pdf.gz | 430 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1e8i_full_validation.pdf.gz | 433.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1e8i_validation.xml.gz | 11.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1e8i_validation.cif.gz | 15.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/1e8i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/e8/1e8i | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (0.9721, -0.21762, -0.08752), ベクター: |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13806.557 Da / 分子数: 2 / 断片: C-TYPE LECTIN-LIKE DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) HOMO SAPIENS (ヒト) / Cell: HEMATOPOIETIC CELL / 細胞内の位置: CELL SURFACE / 細胞内の位置 (発現宿主): INCLUSION BODIES / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q07108 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 構成要素の詳細 | SIGNAL TRANSMITTING RECEPTOR IN LYMPHOCYTES, NATURAL KILLER (NK) CELLS, AND PLATELETS. INVOLVED IN ...SIGNAL TRANSMITTI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 51 % | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 4.8 / 詳細: pH 4.80 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS pH: 7.2 / 手法: 蒸気拡散法詳細: drop consists of equal amounts of protein and reservoir solutions | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 0.931 |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.931 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 21836 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 25.6 Å2 / Rsym value: 0.055 / Net I/σ(I): 27.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.95→2 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Rsym value: 0.256 / % possible all: 99.2 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 98431 / Rmerge(I) obs: 0.061 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 99.2 % / Rmerge(I) obs: 0.202 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB ENTRY 1B6E 解像度: 1.95→25 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 38.4589 Å2 / ksol: 0.352836 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 46.9 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.95→25 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.95→2.07 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: CNS / バージョン: 1 / 分類: refinement | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | *PLUS Num. reflection obs: 19826 / % reflection Rfree: 9.1 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | *PLUS | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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