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- PDB-1e8h: STRUCTURE OF THE H61T MUTANT OF THE FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1e8h
タイトルSTRUCTURE OF THE H61T MUTANT OF THE FLAVOENZYME VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE IN THE APO FORM COMPLEXED BY ADP
要素VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
キーワードOXIDOREDUCTASE / FLAVOPROTEIN / METHANOL UTILIZATION / PEROXISOME / FLAVOENZYME / OXIDASE / CATALYSIS
機能・相同性
機能・相同性情報


vanillyl-alcohol oxidase / vanillyl-alcohol oxidase activity / methanol metabolic process / D-lactate dehydrogenase (cytochrome) activity / lactate catabolic process / D-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / FAD binding / peroxisome / mitochondrion
類似検索 - 分子機能
Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / FAD-linked oxidases, C-terminal domain / FAD-linked oxidase, C-terminal / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 ...Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 4 / FAD-linked oxidases, C-terminal domain / FAD-linked oxidase, C-terminal / Cytokinin dehydrogenase, C-terminal domain superfamily / FAD linked oxidases, C-terminal domain / Vanillyl-alcohol oxidase, C-terminal subdomain 2 / Vanillyl-alcohol Oxidase; Chain A, domain 3 / FAD-linked oxidase-like, C-terminal / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase, domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 2 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 - #10 / Uridine Diphospho-n-acetylenolpyruvylglucosamine Reductase; domain 3 / FAD linked oxidase, N-terminal / FAD binding domain / FAD-binding, type PCMH, subdomain 1 / FAD-binding domain, PCMH-type / PCMH-type FAD-binding domain profile. / FAD-binding, type PCMH, subdomain 2 / FAD-binding, type PCMH-like superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / Vanillyl-alcohol oxidase
類似検索 - 構成要素
生物種PENICILLIUM SIMPLICISSIMUM (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Mattevi, A. / Fraaije, M.W.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2001
タイトル: Structural Analysis of Flavinylation in Vanillyl-Alcohol Oxidase
著者: Fraaije, M.W. / Van Der Heuvel, R.H.H. / Van Berkel, W.J.H. / Mattevi, A.
履歴
登録2000年9月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02000年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年5月8日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年12月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_sf / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
B: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,7944
ポリマ－125,9402
非ポリマー8542
水1,60389
1
A: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
B: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
ヘテロ分子

A: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
B: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
ヘテロ分子

A: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
B: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
ヘテロ分子

A: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
B: VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)507,17716
ポリマ－503,7598
非ポリマー3,4188
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-y+1,x,z1
crystal symmetry operation4_565y,-x+1,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area50950 Å2
ΔGint-376.5 kcal/mol
Surface area176870 Å2
手法PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)130.340, 130.340, 134.000
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number79
Space group name H-MI4
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.238137, -0.971199, 0.007873), (-0.97113, -0.238222, -0.012497), (0.014012, -0.004669, -0.999891)
ベクター: 112.601, 144.819, 110.844)
詳細BIOLOGICAL_UNIT: HOMOOCTAMER

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要素

#1: タンパク質 VANILLYL-ALCOHOL OXIDASE / ARYL-ALCOHOL OXIDASE / 4-ALLYLPHENOL OXIDASE


分子量: 62969.934 Da / 分子数: 2 / 変異: YES / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) PENICILLIUM SIMPLICISSIMUM (菌類) / 解説: FUNGUS / 細胞内の位置: INTRACELLULAR / Organelle: PEROXISOMES / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 参照: UniProt: P56216, aryl-alcohol oxidase
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細CATALYZES THE CONVERSION OF VANILLIN ALCOHOL TO VANILLIN, AND A WIDE RANGE OF PHENOLIC COMPOUNDS OF ...CATALYZES THE CONVERSION OF VANILLIN ALCOHOL TO VANILLIN, AND A WIDE RANGE OF PHENOLIC COMPOUNDS OF VARIABLE SIZE SIDE CHAIN AT THE PARA POSITION. CRUCIAL IN THE DEGRADATION OF THE SECONDARY METABOLITES RESULTING FROM THE DEGRADATION OF THE LIGNIN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.56 %
結晶化pH: 4.6 / 詳細: FROM 6% PEG4000, 100 MM ACETATE BUFFER PH 4.6
結晶化
*PLUS
pH: 5.1 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID
14 %(w/v)PEG40001reservoir
2100 mMsodium acetate/HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-3 / 波長: 1
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1999年2月15日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: NI FILTER / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→20 Å / Num. obs: 34320 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.6→2.7 Å / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.393 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Rsym value: 0.393 / % possible all: 100
反射
*PLUS
Num. measured all: 85638
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 100 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
CCP4位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1QLT

1qlt


解像度: 2.6→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.303 1000 3 %RANDOM
Rwork0.237 ---
obs0.237 34320 99.8 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8622 0 54 89 8765
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0110.02
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d0.020.04
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor
ソフトウェア
*PLUS
名称: REFMAC / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
タイプ: p_plane_restr / Dev ideal: 0.01

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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